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[Gaussian/gview] 闲扯高斯输入文件的扩展名

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本帖最后由 bomsaude 于 2016-10-24 10:46 编辑

昨天看到有网友说在服务器上提交高斯任务,把文件扩展名都由gjf改为com,还特意用脚本或命令来批量处理这些繁琐的工作。由于我没有用过服务器之类的计算过,就用自己的台式机或笔记本算过一些,请教这么改是由服务器决定的还是高斯版本决定的,亦或个人喜好这么做的?

对于高斯计算输入文件的扩展名Windows一般用默认gjf,Linux默认com,但Linux下在个人电脑下gjf完全没有问题。

没有考虑过扩展名gjf和com什么意思,前段时间看到有些人把扩展名写为gif,可能是认为Gaussian Input File,亦或动态图片用多了,亦或把gjf误看成了gif。

原先就感觉高斯输入文件只和内容有关,和扩展名无关,刚才用一个小分子在个人台式机上Ubuntu下试了以下扩展名,结果都是一样的,耗时也没有什么差别:

规规矩矩的:test.gjf test.com
感觉合理的:test.txt
充满个性的:test.gif
随心所欲的:test.abc test.xyz
不拘一格的: test.qwe


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发表于 Post on 2016-10-24 19:38:10 | 只看该作者 Only view this author
看到不拘一格的,我笑尿了
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发表于 Post on 2016-10-24 22:02:53 | 只看该作者 Only view this author
Linux系统下是与文件扩展名无关,Linux其实也没有扩展名的概念,加了扩展名只是为了让用户知道这是什么那是什么,比如加了.sh就差不多知道应该是个脚本,但有与没有都不影响结果,还是内容决定的。PS:LZ的文章写的太有趣了

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发表于 Post on 2016-10-24 22:06:01 | 只看该作者 Only view this author
我感觉gjf是gaussian job file吧?我是这么理解。

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发表于 Post on 2016-10-24 22:56:54 | 只看该作者 Only view this author
Linux的Gaussian不考虑扩展名,只要是文本文件就没任何区别。你不用文件,直接从标准输入手敲也行。用"<"输入重定向也行。用管道把其他程序的标准输入重定向到Gaussian也行。

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发表于 Post on 2016-10-25 07:18:53 | 只看该作者 Only view this author
扩展名随意,高斯根本不管。即便Linux下用户一般也都是习惯用.gjf后缀。估计是因为高斯自带的测试任务都是.com后缀,以及手册里偶尔用.com,才导致一些人用.com。
那个网友可能是用的脚本只处理.com文件。实际上他把相关脚本改一下就完了。

我很不喜欢.com当高斯输入文件扩展名,因为和DOS可执行文件扩展名重复:
https://en.wikipedia.org/wiki/COM_file
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发表于 Post on 2016-10-25 10:15:02 | 只看该作者 Only view this author
用com确实很不好,因为com在windows下是可执行的,危险性相当于exe,
所以一些软件互传文件的时候可能会被报错(比如Foxmail可能会不允许用com文件做附件)。
----不过竟然还是习惯了linux下用com,不知何时养成的习惯。看来要改。
华北电力大学数理学院,理论与计算化学,团簇、表面的结构与反应机理。(招第一性原理计算,量子化学计算方向的教师、硕士/博士研究生)

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发表于 Post on 2016-10-29 04:55:36 | 只看该作者 Only view this author
helpme 发表于 2016-10-25 10:15
用com确实很不好,因为com在windows下是可执行的,危险性相当于exe,
所以一些软件互传文件的时候可能会被 ...

GaussView在Linux下默认就是.com。我印象里早期的高斯(Gaussian 98之前?)对于输入文件是Linux格式(\n是换行符)还是dos格式(\r\n是换行符)好像有要求,不同平台混用会执行不下去,必须用dos2unix和unix2dos转换一下,所以大概有必要区分Windows平台的.gjf/.out以及Linux/UNIX平台的.com/.log。当然现在不存在这个问题了。

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发表于 Post on 2016-10-29 10:34:57 | 只看该作者 Only view this author
我们这服务器不知道设置了什么,gjf就是segmentation error,只能接受com的扩展名

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发表于 Post on 2016-11-1 13:56:10 | 只看该作者 Only view this author
wswrpd 发表于 2016-10-29 10:34
我们这服务器不知道设置了什么,gjf就是segmentation error,只能接受com的扩展名

好奇怪的服务器

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发表于 Post on 2016-11-7 09:44:45 | 只看该作者 Only view this author
我一直以为是gif,而不是gjf,所以我就纠结为何自己建的输入文件高斯view打不开
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