计算PEOE原子电荷时净电荷如何设置

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-2-18 01:02:00

本帖最后由喵星大佬于 2024-2-18 01:14 编辑

对于离子体系计算PEOE原子电荷是没有设置静电荷的选项，总电荷似乎是程序自己判断的，此时有的分子可以判断对有的分子则不行

比如测试的伊玛替尼分子

STI.pdb (10.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
此分子应该为一个正电荷，通过Multiwfn计算得到的净电荷为1，是正确的

STI.chg (3.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

而另一个分子甲氨喋呤

MTX.pdb (8.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
此分子应该为一个负电荷，通过Multiwfn计算得到的净电荷为0(1e-10)，是错误的

MTX.chg (2.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

在计算EEM电荷是有设置净电荷的选项而在PEOE电荷时则没有，那么Multiwfn是如何判断总电荷的呢？是否可以修改？

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-18 02:49:53

Multiwfn根据一些原子的化学环境判断PEOE初始电荷，绝大部分的原子初始电荷都为0。初始电荷加和是净电荷，和最终PEOE电荷加和相同。
我刚更新了官网上的Multiwfn，对于去质子化的羧基目前已经会恰当设置初始电荷使得它对净电荷贡献为-1了。
新版本可以在当前目录下自行提供名为PEOEinit.txt的文件，每一行写上原子序号和初始电荷，如
33 -0.5
34 -0.5
37 1.0

当前计算用的初始电荷在计算前会在屏幕上显示。

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