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[VMD] 蛋白质二级结构的平均结构

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我想用VMD显示NAMD模拟一段时间之后蛋白质的平均结构,希望各位大神知道我一下,谢谢!

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发表于 Post on 2016-10-28 07:00:45 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指要得到一段轨迹的平均结构(每一帧原子坐标加和除以帧数),这并没有什么意义,得到的结构会严重扭曲变形,也没法作为这一段轨迹的代表性结构。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-28 08:47:07 | 只看该作者 Only view this author
我看到好多文献中都会对平均结构(the secondary structure elements of the mean structure)进行分析,麻烦您能指导我一下该如何得到平均结构

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发表于 Post on 2016-10-28 09:35:08 | 只看该作者 Only view this author
不要迷信文献,sob说的非常对。
当然这或许是个下下策。
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/8722.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-28 10:21:33 | 只看该作者 Only view this author
谢谢您!

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