计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 675|回复 Reply: 5
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 求助,ORCA进行AIMD为什么算不动

[复制链接 Copy URL]

40

帖子

0

威望

190

eV
积分
230

Level 3 能力者

本帖最后由 一昔a 于 2024-2-28 18:08 编辑

我用multiwfn产生的.inp文件,修改了内存和核数后在orca算MD,但是半个小时1步也没有算出来,我确信不是体系和算力的问题,请问是什么原因导致的呢?

附件是我的输入文件和输出界面,谢谢各位解惑了!


在退出后给出了这样的报错:
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run

ERROR       : MD Program returns an error
              cannot continue the md simulation
COMMAND     : /home/lvxc/orca/orca_5_0_4_linux_x86-64_shared_openmpi411/orca_md b4h10  orca
RETURN CODE : 2
[file orca_main/mainmd.cpp, line 184]:
[file orca_main/mainmd.cpp, line 184]:

0383d7b1fff1c4c799806803405b768.png (20.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

0383d7b1fff1c4c799806803405b768.png

b4h10.inp

4.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

输入文件

199

帖子

2

威望

1526

eV
积分
1765

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2024-2-28 18:49:57 | 只看该作者 Only view this author
自己算个单点就知道一帧要耗时多长了,从头算动力学大部分时间都是在SCF阶段

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-2-28 20:08:03 | 只看该作者 Only view this author
先确保当前机子能正常算完个受力任务(单独用Multiwfn创建个受力计算文件),看运行是否正常、能否正常算完

你的体系结构极其诡异,这种结构下极可能SCF非常难收敛,导致MD一步都半天算不完
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

40

帖子

0

威望

190

eV
积分
230

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 22:13:27 | 只看该作者 Only view this author
ionexchangeC 发表于 2024-2-28 18:49
自己算个单点就知道一帧要耗时多长了,从头算动力学大部分时间都是在SCF阶段

好的,我去试试,谢谢啦!

40

帖子

0

威望

190

eV
积分
230

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 22:46:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-28 20:08
先确保当前机子能正常算完个受力任务(单独用Multiwfn创建个受力计算文件),看运行是否正常、能否正常算完 ...

老师,我想请教下,我在Gaussian里面用这个体系跑过ADMP,也是scf收敛不了,中间的B4H10分子在这个动力学里面应该会解体才对,我觉得这是scf难以收敛的原因,我用iop(5/13=1)忽略前面的问题,也能计算出来轨迹,但是结果不理想并且周围的溶剂分子会向周围散开,所以想着学习下orca,老师请问碰到这种极难收敛的情况,有什么办法收敛到一定程度就进行下一步吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-2-28 23:48:49 | 只看该作者 Only view this author
一昔a 发表于 2024-2-28 22:46
老师,我想请教下,我在Gaussian里面用这个体系跑过ADMP,也是scf收敛不了,中间的B4H10分子在这个动力学 ...

把初始结构调整合理了再说
周围分子都挨上了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 10:52 , Processed in 0.172506 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list