分析aRDG时遇到图表面有水波纹存在问题

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-2 15:03:29

老师，我使用aRDG法分析分子间弱相互作用时，生成的平均RDG等值面图（isosurface=0.4）

这个图表面怎么有水波纹存在，这种情况正常吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-2 23:21:22

aRDG用法不当，或者操作步骤有问题（很可能是积分格点屏蔽做法不对），仔细参照下面博文里的说明
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591（http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html）

或者改用Multiwfn的aIGM分析（手册3.23.9节），用不着做格点数据屏蔽。

标题里别写成小写的ardg，看着很别扭。给你改了

ngaoo · 发表于 Post on 2024-3-3 15:02:03

本帖最后由 ngaoo 于 2024-3-3 16:47 编辑

sobereva 发表于 2024-3-2 23:21
aRDG用法不当，或者操作步骤有问题（很可能是积分格点屏蔽做法不对），仔细参照下面博文里的说明
使用Mult ...

1.积分格点屏蔽那里我进行了更改，发现没有得到改善。

2.老师，手册里没有3.23.9节。我只找到了IGM分析。

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-4 07:02:47

ngaoo 发表于 2024-3-3 15:02
1.积分格点屏蔽那里我进行了更改，发现没有得到改善。

2.老师，手册里没有3.23.9节。我只 ...

改之前如果看到是正常的，显然说明没改对。弄清楚该改成什么数值

手册版本太老

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