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[GROMACS] 求助:gmx msd指令如何修改每多少ps输出一次数据

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gmx msd -f pull.xtc -s pull.tpr -n index.ndx -o msd.xvg -trestart 10
体系一共跑了15ns,想修改msd每10/20ps输出一次数据,但是.xvg文件使用-trestart 10没有效果。仍然为每5ps输出一次。
想问一下给gmx中使用什么指令可以进行修改。

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发表于 Post on 2024-3-28 01:14:36 | 只看该作者 Only view this author
用awk让msd.xvg隔一行或多行输出一次就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 14:17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-28 01:14
用awk让msd.xvg隔一行或多行输出一次就完了

谢谢sob老师,我用trjconv把xtc文件改成10ps、20ps输出一次。然后用msd作图,发现5ps和10、20ps的值完全不一样。体系一共15ns。是氧化石墨烯离子分离的。计算的是离子

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发表于 Post on 2024-3-28 20:48:55 | 只看该作者 Only view this author
yixiansheng 发表于 2024-3-28 14:17
谢谢sob老师,我用trjconv把xtc文件改成10ps、20ps输出一次。然后用msd作图,发现5ps和10、20ps的值完全 ...

明显不能这么改
搞清楚gmx msd的计算原理,它会对所有时间跨度取平均,你这样做影响的不仅仅是输出时间间隔,还影响msd本身的结果(导致可采样的时间跨度样本数减少,会令统计精度劣化)

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里的msd计算示意图:


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-31 13:55:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-28 20:48
明显不能这么改
搞清楚gmx msd的计算原理,它会对所有时间跨度取平均,你这样做影响的不仅仅是输出时间 ...

谢谢sob老师,明白了

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