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[Multiwfn使用咨询] Multiwfn和VMD做静电势分析时遇到极值点不一致问题怎么解决

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The number of surface minima:     8
  #       a.u.         eV     kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
    1 -0.01311380   -0.356845   -8.229038      -3.200595 -0.084042  -1.928015
    2 -0.01312232   -0.357076   -8.234384      -3.188445 -0.072267   1.926901
    3 -0.02451537   -0.667097  -15.383638      -0.544916   0.721306  1.921735
    4 -0.02477671   -0.674208  -15.547630      -0.017346   0.319862  1.917324
    5 -0.02477854   -0.674258  -15.548780      -0.008180   0.312336 -1.919000
    6 -0.03290277   -0.895330  -20.646816       2.334118 -2.335474   1.200933
    7 -0.03291459   -0.895651  -20.654233       2.381666 -2.301850  -1.248980
*   8 -0.06256848   -1.702575  -39.262347       3.362116   2.759602  0.008859

Thenumber of surface maxima:     6
  #       a.u.         eV     kcal/mol           X/Y/Z coordinate(Angstrom)
*   1  0.07219178    1.964438  45.301063      -4.733985  -1.876726 -0.004777
    2  0.07178679    1.953418  45.046928      -4.683428   1.839310  0.001087
    3  0.01525069    0.414992   9.569962       0.196147  -3.439953  0.013740
    4 -0.00254787   -0.069331   -1.598815       2.224343 -0.083598  -1.794216
    5 -0.00257785   -0.070147   -1.617628       2.235737 -0.071718   1.794282
    6  0.06667832    1.814409  41.841312       4.892312  -0.994000  0.051720
multiwfn计算分子表面分析得到的极值点数据如上,极小值有8个,VMD显示的极值点如附图,极小值有7个,这个问题应该怎么解决,求大佬指点

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发表于 Post on 2024-3-31 21:56:45 | 只看该作者 Only view this author
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html
文中写得明明白白
常有人问为什么他通过ext命令绘制出的分子表面静电势极值点的数目和他自己在Multiwfn里用主功能12做静电势的定量分子表面分析给出的不符,这是因为ESPext.bat脚本把格点间距设成了0.15 Bohr,而Multiwfn默认用的是0.25 Bohr。格点间距越小表面顶点确定得越准确。显然不符的时候,通过ESPext.bat给出的更准。如果想要二者结果一样,在Multiwfn主功能12里进行计算前先选选项3修改格点间距为0.15 Bohr即可。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-1 00:40:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-31 21:56
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva. ...

我得到想要的结果了,谢谢大神

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