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[蛋白质建模] 我想将蛋白质与水凝胶结合观察蛋白质的结构变化,水凝胶的模型怎么获得,是自己建模吗

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我想将蛋白质与水凝胶结合观察蛋白质的结构变化,水凝胶的模型怎么获得,是自己建模吗,还是有网站下载文件,刚入gromacs
,只做了溶菌酶的教程,只知道蛋白质的pdb怎么获得,不清楚凝胶的文件怎么获得

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发表于 Post on 2024-4-3 19:18:36 | 只看该作者 Only view this author
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成,再想办法建模
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-4 09:31:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huhuhu12 于 2024-4-4 09:57 编辑
sobereva 发表于 2024-4-3 19:18
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成,再想办法建模

凝胶的化学组成我有,那请问凝胶建模是用packmol吗,还是vmd

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发表于 Post on 2024-4-4 16:50:21 | 只看该作者 Only view this author
huhuhu12 发表于 2024-4-4 09:31
凝胶的化学组成我有,那请问凝胶建模是用packmol吗,还是vmd

没具体结构细节别人没法回答
光靠VMD显然不行,又不可能自己手动一个一个摆
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发表于 Post on 2025-10-10 11:07:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-3 19:18
没有现成的文件
先明确凝胶的化学构成,再想办法建模

sob老师,我想请教一下,如果已经有了水凝胶的pdb文件的话,应该如何获取他的itp文件呢?另外如果水凝胶体系比较大,是否推荐使用cgmd,如果是使用cgmd的话应该先将分子粗粒化在获得力场还是获得力场后在粗粒化呢?

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发表于 Post on 2025-10-10 11:11:52 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2025-10-10 11:07
sob老师,我想请教一下,如果已经有了水凝胶的pdb文件的话,应该如何获取他的itp文件呢?另外如果水凝胶 ...

照常用sobtop生成其中每类分子的itp,然后include到主top里
以目前GPU加速的速度来说,即便很大的体系照样跑得动,轻易折腾粗粒化得不偿失
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发表于 Post on 2025-10-10 11:17:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-10 11:11
照常用sobtop生成其中每类分子的itp,然后include到主top里
以目前GPU加速的速度来说,即便很大的体系照 ...

好的,了解了谢谢sob老师。另外对于sobtop我还有一个疑问,就是我的体系里有一个水凝胶可能比较大,然后还有牛血清白蛋白和葡萄糖,如果水凝胶的itp可以按照您的方法,那牛血清白蛋白是否可以用sobtop生成对应的itp也inclued到里面呢?我之前只用sobtop生成过小分子,对于这种蛋白(一个蛋白分子大约一万个原子)体系没使用过sobtop。如果不可以用sobtop生成的话,那这个体系中水凝胶和蛋白质的top文件应该用什么方式生成比较合理呢?谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-10-10 19:52:39 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2025-10-10 11:17
好的,了解了谢谢sob老师。另外对于sobtop我还有一个疑问,就是我的体系里有一个水凝胶可能比较大,然后 ...

仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20
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发表于 Post on 2025-10-10 20:25:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-10 19:52
仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20

好的,谢谢sob老师,我了解了。我想请问一下sob老师,如果我将蛋白质分子使用pdb2gmx生成的itp文件,sobtop生成的葡萄糖的itp文件还有使用sobtop生成的明胶的每类分子的itp文件inclued到top中,这种制作体系力场文件的方法是合理的吗?

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发表于 Post on 2025-10-10 22:07:36 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2025-10-10 20:25
好的,谢谢sob老师,我了解了。我想请问一下sob老师,如果我将蛋白质分子使用pdb2gmx生成的itp文件,sobt ...

合理的,在gromacs中采用amber力场,sobtop中使用GAFF力场,两个力场是兼容的

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