sobEDA跑小体系能正常结束，跑300多个原子的体系就报错segmentation violation

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-4-14 12:57:43

我在超算上跑example是完全可以。改了设置后，再跑example也没问题。但是我用同样的设置跑300多个原子的体系就会报错segmentation violation，只产生了fragment1.gjf和fragment1.out。
我看过gaussian报错的贴子，我不是语法错误，或者文件编辑错误。

问题是不是出在体系太大？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-14 13:32:38

看脚本中间产生的Gaussian的out文件内容判断
贴这种shell层面的信息毫无用处

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-4-14 16:43:48

本帖最后由 Oliviaw 于 2024-4-15 21:50 编辑

sobereva 发表于 2024-4-14 13:32
看脚本中间产生的Gaussian的out文件内容判断
贴这种shell层面的信息毫无用处

报错如下：

没有其他有用信息。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-15 04:35:33

Oliviaw 发表于 2024-4-14 16:43
报错如下：

这根本不是Gaussian的out文件的内容

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-4-15 11:15:02

本帖最后由 Oliviaw 于 2024-4-16 20:58 编辑

sobereva 发表于 2024-4-15 04:35
这根本不是Gaussian的out文件的内容

没有产生final.out，只有fragment1.out。fragment1.out里面有几行是这样的，是不是内存的问题？我应该在哪个文件设置内存呢？
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
R6Disp:  Grimme-D3(BJ) Dispersion energy=    -0.3077851398 Hartrees.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term = 12030.9518245350 Hartrees.
Leave Link  301 at Sat Apr 13 23:34:44 2024, MaxMem= 104857600 cpu:             0.1 elap:             0.1
(Enter /share/home/grp-chenggj/apps/gaussian/g16DVD_AVX2/g16/l302.exe)
NPDir=0 NMtPBC=    1 NCelOv=    1 NCel=    1 NClECP=    1 NCelD=    1
      NCelK=    1 NCelE2=    1 NClLst=    1 CellRange=    0.0.
One-electron integrals computed using PRISM.
Out-of-memory error in routine ShPair-LoadLd (IEnd=    82518322 MxCore=    22367035)
Use %mem=158MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /share/home/apps/gaussian/g16DVD_AVX2/g16/l302.exe at Sat Apr 13 23:34:46 2024.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.4 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.4 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 1984 Int=    0 D2E=    0 Chk=    8 Scr=    8

是不是“Use %mem=158MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.”就可以？
但是不知道sobEDA计算时，在哪里加%mem?
我试过将.sh文件里面加#BSUB -M 100GB，#BSUB -n 10，最后是同样的报错。

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-16 01:08:45

Oliviaw 发表于 2024-4-15 11:15
没有产生final.out，只有fragment1.out。fragment1.out里面有几行是这样的，是不是内存的问题？我应该在 ...

默认内存使用上限哪里设此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

涉及超算、队列系统的问题问管理员，我没法解答

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-4-16 21:34:28

sobereva 发表于 2024-4-16 01:08
默认内存使用上限哪里设此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439 ...

改.sh的-M没用，在template.gjf加%mem就能跑了

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