求助gromacs的top文件中的位置限制意义

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-4-15 17:39:24

在gromacs的top文件中出现这样一段
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "dialaA.itp"
#endif

; Include water topology
#include "amber99sb-ildn.ff/tip3p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

我想问一下这个
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000

中的这个i是什么意思，表示的是原子编号还是索引组的内容

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-16 03:58:14

当前[moleculetype]里的原子序号

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-4-16 10:47:21

本帖最后由 wanzongliang 于 2024-4-16 11:47 编辑

sobereva 发表于 2024-4-16 03:58
当前[moleculetype]里的原子序号

哦哦哦感谢sob老师

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[GROMACS] 求助gromacs的top文件中的位置限制意义