求助：离子晶体表面吸附位点的确定

qzupc · 发表于 Post on 2024-4-19 16:42:24

本帖最后由 qzupc 于 2024-4-19 17:06 编辑

各位老师好，如题，我想计算碳酸钾表面吸附一些单一小分子的吸附能，所建模型如下
我目前考虑的吸附位点是分别对C、O、K的顶位、桥位、孔位上方3埃作为初始位点来做吸附，请问这样是否合适（感觉考虑的吸附位点有点多），我所选取的桥位和孔位是Z方向相同的几个原子，这样选择是否正确？因为我看文献中的吸附大多是针对分子晶体表面来说的，都是比较整齐的板层，各原子离的也比较近，离子晶体是否能考虑桥位、孔位？
PS：（1）我的晶胞大小是11.33x19.72x28.12，计算时k点选的3，2，1，这样够用吗？（2）我最开始计算的时候选的XYZ周期性，计算过后晶胞XYZ方向坐标没有改变，后来看到讲义上算表面吸附的时候选的XY方向周期性，我计算之后为何晶胞XY方向没变，Z方向却变大了（后来发现是在Multiwfn中选完XY周期性生成的inp文件中就已经Z方向变大了，不知道是什么原因）？两次计算都冻结了底部两层原子，我的体系是否应该用XYZ方向周期性？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-20 08:53:27

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里都非常明确讲了

qzupc · 发表于 Post on 2024-4-20 21:51:22

sobereva 发表于 2024-4-20 08:53
北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里都非常明确讲了 ...

非常感谢社长的回复，那我是在初始模型已经人为加了15埃厚度的真空层了，这种也是需要让他再自动额外确定真空层厚度吗，我看讲义里提到二维体系也可以用XYZ周期性加Z方向的偶级校正，我这个体系是否合适这样设置呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-21 05:06:49

qzupc 发表于 2024-4-20 21:51
非常感谢社长的回复，那我是在初始模型已经人为加了15埃厚度的真空层了，这种也是需要让他再自动额外确定 ...

你在Multiwfn里设成XY二维周期性后，Z方向的盒子尺寸总是被Multiwfn自动根据ppt里的做法确定，而不会延用输入文件里的，这可有效避免输入文件存在不当的盒子尺寸。只有周期性方向的盒子尺寸才会被Multiwfn延用。

想用三维周期性+偶极校正随你。

qzupc · 发表于 Post on 2024-4-21 08:48:32

sobereva 发表于 2024-4-21 05:06
你在Multiwfn里设成XY二维周期性后，Z方向的盒子尺寸总是被Multiwfn自动根据ppt里的做法确定，而不会延用 ...

好的，感谢社长回复

qzupc · 发表于 Post on 2024-4-21 13:11:42

sobereva 发表于 2024-4-21 05:06
你在Multiwfn里设成XY二维周期性后，Z方向的盒子尺寸总是被Multiwfn自动根据ppt里的做法确定，而不会延用 ...

社长，请问能否这样设置，我在初始模型中人为加了15埃的真空层，计算时选XY周期性，然后把inp文件中的Z坐标换成输入文件里的，这样做几何优化对结果有影响吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-22 06:21:37

qzupc 发表于 2024-4-21 13:11
社长，请问能否这样设置，我在初始模型中人为加了15埃的真空层，计算时选XY周期性，然后把inp文件中的Z坐 ...

可以

qzupc · 发表于 Post on 2024-4-22 08:52:51

sobereva 发表于 2024-4-22 06:21
可以

好的，多谢社长

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