石墨烯md模拟力场建立过程中出了问题

大头攒毛

各位老师大家好，想请教大家一个问题。

我用sobtop生成了一个石墨烯(中间部分挖去，有6个羧基)的力场文件g6.itp和g6.top

①是不是没有直接将g6.top文件看成是topol.top进行模拟？

②我是将g6.itp文件中的力场转换形式后放到ambersb-ildn文件夹中，我已经事先用excel将其中重复的键，角，二面角项删掉。所有源文件已提供如下，石墨烯被命名为[g6]。
然后开始经历gmx pdb2gmx，gmx editconf，gmx solvate，这三步没有出现问题，直到这步“gmx grompp -f em.mdp -c sol.gro -p topol.top -o em.tpr“出现了问题，如下文件“终端显示错误”。

希望大家能为我答疑解惑。谢谢

sobereva

把问题交代完整，都不知道g6.pdb是什么东西，VMD打开看到下图，根本什么都不是



sobtop的输入文件也不给，别人都不知道一开始建的结构是否靠谱。并且sobtop里输入的所有命令说清楚，便于别人重复

当前问题跟pdb2gmx、rtp文件根本没直接关系，是典型的乱用pdb2gmx。明明直接用sobtop给的itp和top就能跑，哪需要再用pdb2gmx

先把sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop上标准的碳纳米管的例子做一遍再说。还弄不明白的话，建议通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）认真完整系统学一遍把逻辑理清楚，里面都有现成的详细的模拟石墨烯之类体系的例子

大头攒毛

sobereva 发表于 2024-4-22 06:47
把问题交代完整，都不知道g6.pdb是什么东西，VMD打开看到下图，根本什么都不是

谢谢sob老师的耐心阅读和说明。
①关于那个g6.pdb文件，我是把C100到C136改了一下名称，一开始的输入文件g6.mol2我已经重新提供。
②我是按照“例2：产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的”生成的力场文件，因为其中有些c是sp2杂化，有些是sp杂化。
③您的意思是说，可以直接在g6.itp文件的基础上进行MD模拟吗？不用把键合项一一放入gromacs现有的力场中？

sobereva

大头攒毛 发表于 2024-4-22 17:31
谢谢sob老师的耐心阅读和说明。
①关于那个g6.pdb文件，我是把C100到C136改了一下名称，一开始的输入文 ...

如果你要当周期性体系模拟，当前结构完全是错的，根本没法通过平移复制当前体系得到完整的周期性结构，而且两侧的原子之间也没有正确的跨盒子的键的信息。把sobtop官网上“例6：产生跨越盒子的无限长氯丁二烯聚合物的拓扑文件” 彻底搞懂了再说。


如果模拟体系仅仅包含当前sobtop创建的体系，直接用sobtop给的itp和top就能跑；如果涉及其它分子，需要恰当手动编辑top。这必须有gromacs拓扑文件最基本的常识、懂top文件的逻辑，几句话说不清楚，培训里有系统的讲解

大头攒毛

sobereva 发表于 2024-4-23 06:57
如果你要当周期性体系模拟，当前结构完全是错的，根本没法通过平移复制当前体系得到完整的周期性结构，而 ...

好的，多谢sob老师的讲解