使用CP2K跑动力学，分子乱飞现象，输入文件是否合理？

护卫天使 · 发表于 Post on 2024-4-23 15:18:43

老师们好，我想参考图一中文献的方法，探究有机配体与Y在水溶液中的结合情况。
1.初始结构是在packmol中构建，在12.42埃的立方盒子加入64个水分子、一个配体和稀土Y离子，并cp2k中使用半经验方法进行了简单预优化。
2、进一步使用Multiwfn输出CP2K的输入文件，使用XYZ周期性条件，NVT系综，PBE和DZVP-MOLOPT-SR-GTH方法，但出现了一长串警告并难以计算下去： *** WARNING in qs_sccs.F:487 :: The system (solute) has a non-negligible ****** charge of -14548938224134197529107356360187202114952791851008.000000. ****** It is recommended to use non-periodic boundary conditions (PERIODIC ****** none) combined with an appropriate Poisson solver (POISSON_SOLVER MT ****** or analytic) ，计算文件见1.inp和1.out。
3.后面我取消了边界条件，能计算下去，但是分子乱飞，如图2，计算文件见2.inp和2.out。

请问各位老师，我的计算问题（计算逻辑和输入文件）需要如何修改，才能让这个计算进行下去且能得到结果？十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-24 07:21:29

论坛里我说过无数次，不要用PSOLVER ANALYTIC。也绝对不要用老掉牙的Multiwfn版本，当前版本Multiwfn对孤立体系根本不会默认用这个。2.inp盒子那么小，当成孤立体系计算根本没有任何意义，和镜像相互作用那么强，根本不是团簇。

对于考虑SCCS和三维周期性的1.inp，也同样是盒子太小。而且此时应当用NVT而不是NPT

护卫天使 · 发表于 Post on 2024-4-25 10:28:35

本帖最后由护卫天使于 2024-4-25 10:32 编辑

sobereva 发表于 2024-4-24 07:21
论坛里我说过无数次，不要用PSOLVER ANALYTIC。也绝对不要用老掉牙的Multiwfn版本，当前版本Multiwfn对孤立 ...

感谢老师的耐心回复！
针对考虑SCCS和三维周期的1.inp（输入输出文件均附在压缩包中），我扩大了盒子尺寸，用了nvt系综，使用PBE和DZVP-MOLOPT-SR-GTH方法，总原子数为233个，其中只有一个金属元素为稀土Y。目前能正常运行，且结构看起来合理。但是在48核超算平台上运行21个小时才得到11帧结构，速度巨慢。
请问一下老师，这种情况该如何解决？如何提高计算速度？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-1 22:28:37

护卫天使发表于 2024-4-25 10:28
感谢老师的耐心回复！
针对考虑SCCS和三维周期的1.inp（输入输出文件均附在压缩包中），我扩大了盒子尺 ...

用PRINT_LEVEL MEDIUM监控SCF，免得万一难收敛还傻算着半天

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[CP2K] 使用CP2K跑动力学，分子乱飞现象，输入文件是否合理？

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