gromacs关于分子位置限制的问题

xliu97

KanbeKotori 发表于 2025-5-8 19:59
一次include两个小分子的拓扑.itp以及对应的porse.itp
比如这样
#ifdef POSRES_MOL

请问这样的话单个分子的itp末尾还需要添加# if define吗？

KanbeKotori

xliu97 发表于 2025-5-9 00:32
请问这样的话单个分子的itp末尾还需要添加# if define吗？

意思是把
#ifdef
#include 小分子porse.itp
这些内容写进小分子.itp里？itp是专供include的top文件，只要系统的top include了你的小分子.itp也没问题，然后mdp再修改一下即可。通常我会把ifdef写到top里方便管理。
你可以参考https://manual.gromacs.org/docum ... y-file-formats.html里关于Ifdef statements的内容。