需要计算复数个单体分子之间的结合能，能否用genmer来做初始构形检索

passed · 发表于 Post on 2024-5-12 22:27:15

本帖最后由 passed 于 2024-5-13 18:59 编辑

我看文献上都是根据表面静电势，NBO什么的来手动构建初始构型的，但我总觉得这样不靠谱，会忽视很多可能的相互作用，所以想问下如果需要算复数个以下分子的组合，能否用genmer来做初始构型检索

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-12 23:45:11

跟NBO毫无关系
最优先该想到的就应该是genmer+molclus
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html

passed · 发表于 Post on 2024-5-13 08:44:13

本帖最后由 passed 于 2024-5-13 09:56 编辑

sobereva 发表于 2024-5-12 23:45
跟NBO毫无关系
最优先该想到的就应该是genmer+molclus
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜 ...

那我是否可以认为很多文献仅依靠分子静电势图来搭建初始构型是不够合理的

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-13 22:14:47

passed 发表于 2024-5-13 08:44
那我是否可以认为很多文献仅依靠分子静电势图来搭建初始构型是不够合理的

看具体什么分子，刚性还是柔性分子、静电势具体分布情况、范德华作用的影响、可能的极化作用（静电势没法体现极化效应），等等，没法一概而论

诸如像下文的情况，18碳环和小分子复合是范德华作用主导的，就不能单靠静电势说明，而要靠范德华势
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

而下文的情况，范德华作用对取向的影响微弱，光靠静电势就能说明问题
静电效应主导了氢气、氮气二聚体的构型
http://sobereva.com/209

用molclus做构型搜索是最稳妥、普适的方式。

passed · 发表于 Post on 2024-5-14 09:24:00

sobereva 发表于 2024-5-13 22:14
看具体什么分子，刚性还是柔性分子、静电势具体分布情况、范德华作用的影响、可能的极化作用（静电势没法 ...

好的，我知道了，谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 需要计算复数个单体分子之间的结合能，能否用genmer来做初始构形检索