绘制晶体表面静电势时VMD显示找不到ESP1.cub文件怎么解决

科研好难 · 发表于 Post on 2024-5-13 12:25:22

各位老师好，我用CP2K计算有机物在催化剂的作用下的反应机理，催化剂是CaO晶体（图1），我想绘制有机物和催化剂的表面静电势图来预测一下反应位点，按着sob老师的博文“使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图”方法，绘制出了有机物的静电势图，可是按着同样的方法绘制晶体静电势图时VMD显示找不到ESP1.cub文件，请问这可能是什么原因导致的？

John_Tao · 发表于 Post on 2024-5-13 15:51:36

你来点细节

科研好难 · 发表于 Post on 2024-5-13 20:51:04

John_Tao 发表于 2024-5-13 15:51
你来点细节

就是我想绘制上图中的催化剂晶体表面静电势图，我在对晶体进行结构优化时输出了 .molden文件，用结构优化收敛的最后一步 .molden文件转换为.fch文件，再用Multiwfn+VMD进行绘制，可绘制静电势图时VMD显示找不到ESP1.cub文件，请问是哪里出问题了？或者换个问法，这种晶体能不能绘制静电势图，能的话具体怎么绘制？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-14 07:55:39

Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势
应当直接用CP2K产生Hartree势的cube文件，取负值就是静电势

另外，当前体系没必要绘制静电势图，显而易见肯定氧上面是相对负的、钙上面是相对正的

科研好难 · 发表于 Post on 2024-5-14 09:32:04

sobereva 发表于 2024-5-14 07:55
Multiwfn不支持对周期性体系计算静电势
应当直接用CP2K产生Hartree势的cube文件，取负值就是静电势

好的，谢谢sob老师，我试一下，主要是我的溶剂体系中有H+和OH-离子，我想确定一下哪个更有可能结合有机物的反应位点

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[CP2K] 绘制晶体表面静电势时VMD显示找不到ESP1.cub文件怎么解决