IGMH分析出现异常键连

shiguang123

IGMH分析时，分子间出现了不该出现的键。fchk文件是通过Gaussian单点能计算得到。fchk文件导出的pdb文件（用文件1表示）放在VMD中显示是正常的，形成不正常键连的两个原子在文件1和Multiwfn生成的cub文件中原子间的距离也相等。我知道可以通过在VMD中取消键连的方式不显示该不正常键连，但我想知道一下出现该现象的原因。

sobereva

上传pdb文件，说清楚pdb文件是怎么产生的

shiguang123

sobereva 发表于 2024-5-30 17:05
上传pdb文件，说清楚pdb文件是怎么产生的

好的老师，我已经上传了PDB文件。1.pdb是用GaussianView6.0从波函数fchk中导出，atmdg.pdb由Multiwfn导出

sobereva

1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

1. HETATM   84  OW  SOL X 595C     -4.320   0.582  -0.959                       O
   
2. HETATM   85  HW1 SOL X 595C     -4.660   0.010  -1.704                       H
   
3. HETATM   86  HW2 SOL X 595C     -3.471   0.197  -0.603                       H
   
4. TER      87      SOL X 595
   
5. HETATM   88      SOL  -5242     -2.198  -0.908   4.423                       O
   
6. HETATM   89      SOL  -5242     -2.556  -1.776   4.096                       H
   
7. HETATM   90      SOL  -5242     -2.568  -0.709   5.328                       H
   
8. HETATM   91      SOL  -5242      0.614   0.491   5.423                       O
   
9. HETATM   92      SOL  -5242      0.212  -0.033   4.685                       H
   
10. HETATM   93      SOL  -5242      0.856   1.406   5.109                       H

复制代码

shiguang123

sobereva 发表于 2024-5-31 10:05
1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

好的，谢谢老师，我修改一下pdb的文件格式再试一下。

shiguang123

sobereva 发表于 2024-5-31 10:05
1.pdb的这些明显不满足pdb格式规范：

老师，我换成正确格式的pdb后，生成的cub文件中分子的键连关系依然是错误的是什么原因呢?

sobereva

shiguang123 发表于 2024-6-1 22:36
老师，我换成正确格式的pdb后，生成的cub文件中分子的键连关系依然是错误的是什么原因呢?

VMD判断成键关系只看原子间距离、元素
只要元素信息被VMD正确识别了，判断出不该有的键就是原子间距离太近

shiguang123

sobereva 发表于 2024-6-2 09:25
VMD判断成键关系只看原子间距离、元素
只要元素信息被VMD正确识别了，判断出不该有的键就是原子间距离太 ...

老师，我可能没表达清楚我的疑惑，我的疑惑是为什么一开始在VMD里键连关系正常的pdb文件，做完IGMH后键连关系就不正常了

牧生

shiguang123 发表于 2024-6-2 20:24
老师，我可能没表达清楚我的疑惑，我的疑惑是为什么一开始在VMD里键连关系正常的pdb文件，做完IGMH后键连 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-29931-1-1.html

http://bbs.keinsci.com/thread-46033-1-1.html

遇到过几次这样的问题，但是不用care