求助：硅醇缩聚过渡态搜寻

wangchangyang · 发表于 Post on 2024-5-30 19:51:38

本帖最后由 wangchangyang 于 2024-5-30 19:53 编辑

想找一个硅醇缩聚的过渡态，其中硅醇的结构跟产物的结构如下，缩聚完也得到了产物跟水，但是一直搜寻不到过渡态，也尝试过将产物水解反过来找，还是不行，其中要么就是单独成为两个硅醇，要么就是优化成了产物跟水，也查阅了相关文献，可能是文献中硅醇的构型比较简单，很容易找到过渡态，模仿了其中的摆放位置还是找不到。请问各位老师有没有什么建议（下面给出了优化后的产物跟反应物的gjf文件）

黑色桃花 · 发表于 Post on 2024-5-30 20:13:52

要不你先用PM7试试，这么多原子用好点的方法基组得算到猴年马月

wangchangyang · 发表于 Post on 2024-5-30 20:27:54

黑色桃花发表于 2024-5-30 20:13
要不你先用PM7试试，这么多原子用好点的方法基组得算到猴年马月

方法跟基组选择的b3ylp跟小基组6-31+G(d)，感觉就是空间结构有点复杂，对摆放的位置有讲究

dnlx · 发表于 Post on 2024-5-31 07:13:23

是否尝试过分步寻找？先简化体系（硅所连的有机部分完全可以用甲基代替，它们不太会影响过渡态成键断键的键长和键角），找到简化体系的过渡态，再回到原来体系，固定过渡态三个参与成键断键的原子并优化其余部分，最后再放开优化过渡态。

wangchangyang · 发表于 Post on 2024-5-31 09:18:30

dnlx 发表于 2024-5-31 07:13
是否尝试过分步寻找？先简化体系（硅所连的有机部分完全可以用甲基代替，它们不太会影响过渡态成键断键的键 ...

这个还没有尝试过。谢谢老师指导。我去尝试一下

dnlx · 发表于 Post on 2024-5-31 09:29:44

wangchangyang 发表于 2024-5-31 09:18
这个还没有尝试过。谢谢老师指导。我去尝试一下

第二步应该是固定四个而不是三个原子。另外泛函要加D3色散校正；基组应该用6-31G(d,p)而不是6-31+G(d)

http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html

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