求助：reaxff力场模拟聚合物高温分解时遇到C、H原子间不正常电荷转移的hbondchk fail

jwy20 · 发表于 Post on 2024-6-5 10:46:59

各位老师好，我在使用lammps reaxff力场模拟聚合物高温分解时遇到C、H原子间不正常电荷转移，引发hbondchk fail的错误，请教大家
我的模型是由32个聚酰亚胺单体分子组成，聚酰亚胺单体分子在MS中建模，并以无序填充方式，填充到标准密度，输出到lammps中
在lammps中压缩后弛豫先跑了nvt 300k 40ps模型已经达到平衡，且模型结构和密度未发现问题，力场适合。
接着跑npt高温高压分解，3000k 6GPa条件，发现在保温过程中迟早会报hbondchk failed的错误。
经过检查，发现报错前总会出现一个C原子和一个O原子的不正常电荷转移，原子电荷一般在-0.8~0.8，这里不正常的电荷达到了+14及-14甚至更高，如附图所示

查找网络给出hbondchk failed这个错误的解决方案是添加safezone mincap命令，但是这只是忽略hbondchk failed这个错误，模型仍然存在错误
所以具体问题出在哪里，想不通，附件中附上了力场文件与输出文件，麻烦老师们帮助解答，谢谢大家！

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-6 23:05:15

就是单纯温度高跑得快，瞬间靠太近了崩了，control文件里面hbond的搜索半径增大、或者积分步长减小（这个温度有时候0.2fs也不稳），或者近邻列表搜索间隔减少
如果还不行，那可能这套力场参数不适合高温。

（虽然你设置了neigh_modify every 1, 但是后面reax/c/speices设置覆盖了它使实际的近邻列表搜索间隔为100）

WARNING: Resetting reneighboring criteria for fix reax/c/species (../fix_reaxc_species.cpp:97)
Neighbor list info ...
update every 100 steps, delay 0 steps, check no

zxs1127 · 发表于 Post on 2024-6-12 00:14:02

kokkos跑就会稳定的多

jwy20 · 发表于 Post on 2024-6-12 14:02:49

Graphite 发表于 2024-6-6 23:05
就是单纯温度高跑得快，瞬间靠太近了崩了，control文件里面hbond的搜索半径增大、或者积分步长减小（这个温 ...

谢谢老师！应该就是reax/c/speices覆盖了近邻列表搜索间隔的问题，太感谢了！

bryant24zyc · 发表于 Post on 2025-3-31 11:05:21

jwy20 发表于 2024-6-12 14:02
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问reax/c/speices覆盖了近邻列表搜索间隔的问题您是怎么解决的呢，添加Nrepeat 1 Nevery 1吗

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