使用gmx energy 计算相同组分间作用力，如何正确操作呢？

WuQs · 发表于 Post on 2024-6-6 14:07:59

投稿时审稿人质疑我的单个溶质分子之间(使用F3表示)的相互作用力达到-800kJ/mol左右，并向我提问氢燃烧焓在-289kJ/mol，并质疑数据有误。

1.接下来阐述我的具体操作：
1-a:生成F3 的 top文件使用的是sobtop程序，RESP电荷按照高斯+Multiwfn生成，使用的.mdp文件除了更改了温度（288k）、压力(标准大气压)、时间、步长之外未改变其它参数。
1-b:体系设置负3价的F3分子*60，乙醇*300，水分子*2155，Na+离子*180 box :5*5*5nm
1-c:最后使用培训书上写的gmx energy的方法计算60个F3分子的相互作用能，具体操作为将60个F3分子分为一组，并命名为F3，在energy列表中选择Coul-SR:F3-F3+LJ-SR:F3-F3，结果=-63600kJ/mol.
疑问一：例子中，在进行第一次md时，使用coulombtype = PME，在rereun时使用coulombtype = cut-off计算的；在rerun时，如果使用 coulombtype = PME,1-c的结果是-146000kJ/mol。这两者差距太大了，前者是不是一定比后者更合理，烦请大佬详细解释一下，书上的看不太懂。

2.接下来阐述已经排查过的部分：
2-a:使用同样的操作计算乙醇间相互作用能
2-a.1：一个乙醇分子+4052个水分子，其余条件与1-a中相同，5nm的立方盒子；
2-a.2：使用1-c的同样方式，将一个乙醇分子分为一组，并命名为eth，在energy列表中选择Coul-SR：eth-eth +LJ-SR:eth-eth，结果/1=36kJ/mol。
疑问二：使用1-c这种方式计算相互作用能，一个乙醇分子也可以得到相互作用能，此时的相互作用能指的是什么，分子内的相互作用？

2-b:还是使用相同的方式计算乙醇间的相互作用能
2-b.1 ：两个乙醇分子+4049个水分子,其余条件与2-a完全相同；
2-b.2 ：使用与1-c相同的方式，将两个乙醇分子分为一组，并命名为eth，在energy列表中选择Coul-SR：eth-eth +LJ-SR:eth-eth，结果/2=38kJ/mol
疑问三：将两个乙醇分子放同一个组分里，此时选择Coul-SR：eth-eth +LJ-SR:eth-eth，这个计算的是相互作用能吗，还是包含别的能量？
疑问四：可以看到2-a和2-b中乙醇组分间的相互作用能貌似成倍数关系，相互作用能成倍数是对的吗？如果是内能（或者势能）成倍数还好理解。
疑问五：因为我看sob老师培训书上对于gmx energy 的案例都是算的不同组分间的作用力，如果我理解的有问题，如果想计算1-c中的，60个F3分子之间的相互作用力，应该如何分组，如何计算呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-7 01:05:02

我没时间具体看文件，只回答你的描述

1 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt已经说得清楚得没法更清楚了，做能量分解时候别用PME

2 分子内的非键作用能

3 两个乙醇分子内的非键作用能加上两个乙醇分子间的非键作用能

4 如果两个乙醇分子间相互作用可以不计，显然这么得到的和乙醇分子数成正比关系

5 把[moleculetype]里的nrexcel项设大从而能够忽略掉分子内非键作用，重新产生tpr文件。把60个F3定义成一个组，算这个组内的非键相互作用，就等同于所有F3分子间的相互作用。

WuQs · 发表于 Post on 2024-6-7 09:33:08

本帖最后由 WuQs 于 2024-6-7 09:41 编辑

sobereva 发表于 2024-6-7 01:05
我没时间具体看文件，只回答你的描述

1 北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/wo ...

非常感谢sob老师，但是对于第四个回答，我想再请教下，假设已经按照您说的设置好了，在gmx energy -f xx.edr ，计算非键作用是还是选择Coul-SR:F3-F3+LJ-SR:F3-F3吗，还是说有别的选项？还有一个问题是，您说的那个[moleculetype]里的nrexcel项设大,这里有什么选择依据吗，怎样选择这个数值是合适的，尤其是对于分子长度较长的情况。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-7 19:57:49

WuQs 发表于 2024-6-7 09:33
非常感谢sob老师，但是对于第四个回答，我想再请教下，假设已经按照您说的设置好了，在gmx energy -f xx. ...

是

依据显然是为了忽略分子内的非键相互作用，再明显不过了。分子内原子间最多隔多少个键就设几

2995907819 · 发表于 Post on 2024-11-8 13:12:36

您好，能请教一下您的论文名字或doi号吗，我需要一篇能比较容易计算的小体系而且提供数据完整的文献计算分子间作用力复现一下，非常感谢

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