计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 623|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] 计算小白请教各位老师:cp2k计算CO分子吸附Cu32H20团簇的分子动力学如何设置k点

[复制链接 Copy URL]

5

帖子

0

威望

83

eV
积分
88

Level 2 能力者

各位老师好!我想用cp2k计算一个co分子吸附在Cu32H20团簇附近的分子动力学,请问k点如何设置呢?
这是初始结构图:

这是cp2k的输入文件,请各位老师指教:
&GLOBAL
  PROJECT md
  RUN_TYPE MD
  PRINT_LEVEL low
&END GLOBAL

&FORCE_EVAL
  METHOD Quickstep              ! Electronic structure method (DFT,...)
  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME  GTH_POTENTIALS
!   PLUS_U_METHOD mulliken

    LSD         !相当于VASP中的spin
    CHARGE 0    !体系中的整个电荷
!   MULTIPLICITY  1  !自选多重度

    &POISSON                    ! Solver requested for non periodic calculations
      PERIODIC xyz
!     PSOLVER  WAVELET          ! Type of solver
    &END POISSON

    &SCF
      SCF_GUESS  ATOMIC
      EPS_SCF 1.0E-6
      MAX_SCF 300
      &OT  ON
        MINIMIZER CG
        LINESEARCH 2PNT
        PRECONDITIONER FULL_ALL #如果体系难以收敛,可以用FULL_ALL(稳定,耗时)
      &END OT
      &OUTER_SCF T
        EPS_SCF 1.0E-06
        MAX_SCF 30
      &END OUTER_SCF
    &END SCF

    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-014        !控制DFT等计算的一些参数精度的,一般设置1.0E-14即可,很大的体系可以改为1.0E-12
      WF_INTERPOLATION ASPC        !控制波函数外推的方法。可以加快SCF收敛
      EXTRAPOLATION_ORDER 3        !等级默认3即可,要是认为跑的很慢的话,就选择2或者1
      METHOD GPW
    &END QS

    &MGRID
      NGRIDS 4
      CUTOFF 500
      REL_CUTOFF 60
    &END MGRID

    &XC
      &XC_FUNCTIONAL PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
      &vdW_POTENTIAL
         DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL
         &PAIR_POTENTIAL
            TYPE DFTD3
            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
            PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat         
            R_CUTOFF [angstrom] 15
       &END PAIR_POTENTIAL
      &END vdW_POTENTIAL
    &END XC       
  &END DFT

  &SUBSYS
    &CELL
      ABC 20 20 20
      ALPHA_BETA_GAMMA 90 90 90
      PERIODIC xyz              ! Non periodic calculations. That's why the POISSON section is needed
    &END CELL
    &TOPOLOGY                    ! Section used to center the atomic coordinates in the given box. Useful for big molecules
      &CENTER_COORDINATES
      &END
      COORD_FILE_FORMAT xyz
      COORD_FILE_NAME  4h2.xyz
    &END

    &KIND H
      ELEMENT H
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q1
    &END KIND
    &KIND C
      ELEMENT C
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q4
    &END KIND
    &KIND O
      ELEMENT O
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
    &KIND S
      ELEMENT S
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
    &KIND P
      ELEMENT P
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q5
    &END KIND
    &KIND Cu
      ELEMENT Cu
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q11
    &END KIND
  &END SUBSYS
&END FORCE_EVAL

&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NVT
    STEPS 10000
    TIMESTEP 0.5
    TEMPERATURE 300.0
  # ANNEALING 0.98        !模拟退火用的参数,开启时,下面的调温器就要关闭。
    &THERMOSTAT
      TYPE NOSE
    # REGION MASSIVE
      &NOSE
        LENGTH 3
        YOSHIDA 3
        MTS 2
        TIMECON [wavenumber_t] 1000
      &END NOSE
    &END THERMOSTAT
  &END MD

  &PRINT
    &TRAJECTORY
      &EACH
        MD 1
      &END EACH
    &END TRAJECTORY
    &VELOCITIES
      &EACH
        MD 1
    &END EACH
    &END VELOCITIES
    &RESTART_HISTORY
      &EACH
        MD 5000
      &END EACH
    &END RESTART_HISTORY
  &END PRINT

  &CONSTRAINT
    &FIXED_ATOMS
      COMPONENTS_TO_FIX XYZ
      LIST 1..76
    &END FIXED_ATOMS
  &END CONSTRAINT
&END MOTION



15507.jpg (147.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

15507.jpg

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-6-16 19:16:45 | 只看该作者 Only view this author
计算孤立体系根本没有k点的事
绝对不要把CP2K当黑箱用,必须掌握第一性原理理论和程序的基本知识再用,否则只会胡算瞎算白浪费时间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

83

eV
积分
88

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-16 19:33:13 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢sob老师百忙之中的回复,也认识到了自己的不足,还想请问这个体系设置gamma点可以吗?还是直接不考虑设置了

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-6-17 00:10:16 | 只看该作者 Only view this author
Revolulu 发表于 2024-6-16 19:33
非常感谢sob老师百忙之中的回复,也认识到了自己的不足,还想请问这个体系设置gamma点可以吗?还是直接不考 ...

不考虑k点=只使用gamma点
或者你在CP2K里当成非周期性来计算,这时候连gamma点的概念都没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

83

eV
积分
88

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-17 15:44:44 | 只看该作者 Only view this author
好的好的,谢谢sob老师的耐心指导,以后一定会好好打基础多请教学习

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 08:31 , Processed in 0.181233 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list