进行氢燃料电池的分子动力学模拟，MSD输出结果数值很小

SANSAN33 · 发表于 Post on 2024-6-26 15:59:55

使用MS软件进行氢燃料电池的分子动力学模拟，用AC模块搭建了600个水分子、40个水合氢离子以及4条Nafion链的无定形模型，使用forcite模块进行结构优化后，得到的结构在NPT系综下进行100ps的计算。随后在300-600K下进行5次退火计算。再在NVT系综下进行50ps模拟后，在NVT系统下进行2ns 的MD模拟，并利用1ns 轨迹分析动力学特性。利用forcite-analysis分析H3O+的MSD，得到了如图所示的结果。结果图会发现纵坐标MSD的数值小于1，但是相关参考文献里面相同的流程，最后数值会在35左右。想问下造成这种结果的原因是什么呢？是我的操作步骤哪里出错了吗？这种情况该如何解决呢？

平湖片帆 · 发表于 Post on 2024-6-28 11:13:28

“1ns 轨迹分析动力学特性”这1ns是模拟退火的1ns嘛，还是常规动力学的1ns
如果是常规动力学1ns的话，分子没怎么扩散也正常吧

SANSAN33 · 发表于 Post on 2024-7-1 09:42:14

平湖片帆发表于 2024-6-28 11:13
“1ns 轨迹分析动力学特性”这1ns是模拟退火的1ns嘛，还是常规动力学的1ns
如果是常规动力学1ns的话，分子 ...

是进行了1ns的分子动力学，因为看到参考文献里是这样设置的

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[Material Studio] 进行氢燃料电池的分子动力学模拟，MSD输出结果数值很小