线性插值内坐标法构造势能面

遗忘爱神

使用线性插值内坐标（LIIC）方法可以计算关键点之间的一些相关路径。该方法将给定的初始和最终结构在内部坐标空间进行线性连接，并且计算多个内插结构的几何形状和能量。

但是要如何使用呢？
最初我觉得内坐标和笛卡尔坐标是一样的，然后就写了个程序，构造了几个中间的分子，但是发现经常出现原子挤在一起的情况。
使用内坐标，我是用chemcraft构造的，但是发现相关变量经常无法一一对应，求助论坛中的人有没有什么好的解决方案？

pwzhou

内坐标可以通过wxmacmolplot修改，然后让两个原子序数完全一致。

pwzhou

另外，columbus这个软件自带了一个lic.pl可以用来干这个事情，但是需要intctl文件，这个文件columbus也可以生成，但是有时候会有些问题，newton-x这个软件生成的intctl非常好，所以可以用newtonx生成intctl文件，然后用columbus完成lic

遗忘爱神

pwzhou 发表于 2016-12-13 22:31
另外，columbus这个软件自带了一个lic.pl可以用来干这个事情，但是需要intctl文件，这个文件columbus也可以 ...

刚好这两个软件我都有装，能请详细讲讲吗？
譬如intctl这个文件应如何生成，而lic.pl这个程序应如何使用？
如果时间有限，可以告诉我手册哪一章也行~
万分感谢！

pwzhou

遗忘爱神 发表于 2016-12-13 22:44
刚好这两个软件我都有装，能请详细讲讲吗？
譬如intctl这个文件应如何生成，而lic.pl这个程序应如何使用 ...

intctl是内坐标的一个东西，你用newtonx做输入文件那个命令做一个prepare，随便选最后会问你是否需要转换成内坐标，选择yes之后就会自动生成intctl，columbus那个直接调用lic.pl，然后看说明即可，稍微摸索一下，很简单的。这个只需要xyz坐标文件，但是columbus调用的lic.pl的时候需要调用openbabel，所以你还需要安装一下这个软件。

遗忘爱神

pwzhou 发表于 2016-12-13 22:28
内坐标可以通过wxmacmolplot修改，然后让两个原子序数完全一致。

今天发现用gaussview也可以调整内坐标，但是还是莫名其妙挤到一块去。。。。
今天经过摸索使用wxmacmolplt，才发现gamess出的这个软件相当好用，多谢啦~