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[GROMACS] gmx_MMPBSA计算过程中出现报错

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Level 4 (黑子)

各位老师好,我计算的体系是蛋白配体体系,所使用的gmx_MMPBSA版本是v1.6.2,虚拟环境中安装的gmx版本是2021.3,机子CPU逻辑核数为64
输入的指令是mpirun -np 64 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs mdo1.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct md01.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS.dat -eo FINAL_RESULTS.csv.其中md01.tpr/md01.xtc/index.ndx/topol.top均由gmx2018.8算得,报错如下图,想问一下老师们该如何解决?

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2#
发表于 Post on 2025-6-13 11:13:35 | 只看该作者 Only view this author
有一种情况会出现这种报错,使用并行计算对RAM的占用非常高(在我的体系下4核吃满32G非常容易)导致退出。可以尝试减小核数。

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3#
发表于 Post on 2025-6-13 12:49:19 | 只看该作者 Only view this author
检查脚本是不是有问题,下载官方的。

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