计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1428|回复 Reply: 12
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 蛋白配体复合物体系进行gromacs模拟,如何调整所添加离子的浓度?

[复制链接 Copy URL]

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

各位老师好,之前我有在文献中gromacs计算部分看到如图所示。将钠离子和氯离子的浓度调整为0.15M,来代替水分子


想问一下各位老师,在使用gromacs进行动力学模拟时该如何调整所添加离子的浓度?

485

帖子

1

威望

1133

eV
积分
1638

Level 5 (御坂)

A Student

2#
发表于 Post on 2024-7-4 17:25:09 | 只看该作者 Only view this author
Use -conc in gmx genion or calculate yourself and specify the number of ions to get that concentration.

The help message in gromacs is useful when you have questions, e.g. gmx genion -h
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-7-5 09:29:00 | 只看该作者 Only view this author
genion的时候用-conc
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-5 12:11:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-5 09:29
genion的时候用-conc

老师,那按照文献里调整浓度为0.15 M,是不是写成-conc 0.15就可以了?

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-5 12:13:03 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2024-7-4 17:25
Use -conc in gmx genion or calculate yourself and specify the number of ions to get that concentrati ...

Thank you very much

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2024-7-7 15:43:34 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-7-5 12:11
老师,那按照文献里调整浓度为0.15 M,是不是写成-conc 0.15就可以了?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-7 16:14:03 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 11:39:12 | 只看该作者 Only view this author

老师,如果不加-conc选项,它会有一个默认的浓度值吗?

485

帖子

1

威望

1133

eV
积分
1638

Level 5 (御坂)

A Student

9#
发表于 Post on 2024-7-8 11:45:10 | 只看该作者 Only view this author
If you use -neutral only without -conc, it'll only add enough ions to neutralize system charge.
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 17:24:07 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2024-7-8 11:45
If you use -neutral only without -conc, it'll only add enough ions to neutralize system charge.

so If if I want to add 0.15M NA+,I must use option -conc combined with option -neutral?

305

帖子

0

威望

550

eV
积分
855

Level 4 (黑子)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-8 17:24:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 12313 于 2024-7-8 17:29 编辑
student0618 发表于 2024-7-8 11:45
If you use -neutral only without -conc, it'll only add enough ions to neutralize system charge.

so If if only use option -neutral,how can I know the concentration of NA+?

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2025-6-26 20:01:50 | 只看该作者 Only view this author

sob老师,关于用gromacs模拟表面活性剂在氯化钠盐溶液中:我的体系有两种钠离子,表面活性剂的抗衡离子Na+和盐溶液中的Na+,进行模拟时我的钠离子力场参数设置保持一致是否正确?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2025-6-27 07:11:37 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-6-26 20:01
sob老师,关于用gromacs模拟表面活性剂在氯化钠盐溶液中:我的体系有两种钠离子,表面活性剂的抗衡离子Na ...

这本身没有什么必然问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 07:20 , Processed in 0.203791 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list