判断有机小分子的柔性大小，gromacs跑分子动力学得到RMSF

anhui · 发表于 Post on 2024-7-6 16:46:59

我的目标是比较dppp/dppf/dppp这三个分子的柔性大小，看了一些帖子想采用gromacs跑分子动力学，得到RMSF值的方法，我有以下几个问题
①模拟的时候我应该填充多少个有机分子呢，目前看到的文献都是蛋白质相关的，是只有一个蛋白质分子，但是有很多残基，取最后稳定之后的就可以了。但是我一次只跑一种分子，应该怎么填充呢
②是通过RMSF的数值大小去判断分子柔性吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-7 17:18:47

一个分子

是。前提是当前用的力场可以合理描述此分子的势能面。并且注意一个分子可能有的地方明显很刚有的地方明显很柔，需要多帧叠加显示轨迹来判断柔性特征，不要仅仅看RMSF数值

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[GROMACS] 判断有机小分子的柔性大小，gromacs跑分子动力学得到RMSF