自定义非标准残基力场后使用gmx pdb2gmx生成的拓扑文件发生键的断裂。

qikongwanli

我自定义了半胱氨酸S原子和H2S18形成共价键（图1）后的H2S18残基力场，采用的是CHARMM-GUI在线生成的残基力场文件，我将力场文件添加进charmm36-jul2022.ff力场, 然后运行gmx pdb2gmx后得到的拓扑文件出现键的断裂，S16和S18发生断裂（图2），且半胱氨酸S原子上的H没有脱掉。我是新手，刚入门，请各位大佬帮忙瞧瞧问题出在哪里。谢谢！

   图1 理论正确的构象             图2 pdb2gmx生成的错误构象
                                                                           
pdb文件如下：
h2s18_cys.pdb (2.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2024-7-7 12:06 上传 Uploaded

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分子文件

aminoacids.rtp文件如下：
[ SSS ]
  [ atoms ]
S1 SG301 0 1
S2 SG301 0 2
S3 SG301 0 3
S4 SG301 0 4
S5 SG301 0 5
S6 SG301 0 6
S7 SG301 0 7
S8 SG301 0 8
S9 SG301 0 9
S10 SG301 0 10
S11 SG301 0 11
S12 SG301 0 12
S13 SG301 0.052 13
S14 SG301 0 14
S15 SG301 0.04 15
S16 SG301 0 16
S17 SG311 -0.224 17
S18 SG301 0 18
H1 HGP3 0.132 19
  [ bonds ]
S1 S2
S1 S3
S2 S4
S3 S5
S4 S6
S5 S7
S6 S8
S7 S9
S8 S10
S9 S11
S10 S12
S11 S13
S12 S14
S13 S15
S14 S16
S15 S17
S16 S18
S17 H1
SG S18

低调的板凳

你应该定义CYS-S18H这个整体为新残基，而不是只定义S18H。你的PDB文件里半胱氨酸还是正常的CYS残基，那按照力场定义里的CYS,-SH就是非成键状态。

qikongwanli

低调的板凳 发表于 2024-7-8 10:01
你应该定义CYS-S18H这个整体为新残基，而不是只定义S18H。你的PDB文件里半胱氨酸还是正常的CYS残基，那按照 ...

我修改了specbond.dat解决了半光氨酸和S18连接时半胱氨酸氢原子的问题，S18和S16断键我也排查出来原因了，是他俩的键长有问题，优化后全部解决了，使用pdb2gmx成功。但后续grompp报错了一堆
  No default Proper Dih. types

低调的板凳

扫C-C-S-S，C-S-S-S, S-S-S-S, S-S-S-H二面角参数，加入到ffbonded.itp

qikongwanli

低调的板凳 发表于 2024-7-8 11:15
扫C-C-S-S，C-S-S-S, S-S-S-S, S-S-S-H二面角参数，加入到ffbonded.itp

其他的二面角都能解决了，还剩3个死活不识别， 参数都已经添加到了ffbonded.itp中了，
C-S-S-S, S-S-S-H, S-S-H  

[ angletypes ]
;   ai     aj     ak    funct   theta         cth
HS S S 1.00E+00 9.92E+01 3.56E+02 ; S-S-H

[ dihedraltypes ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9
HS S S S 9  0  22.1752 3  ; S-S-S-H
CB SH S S 9  0  0 0 ; C-S-S-S

低调的板凳

qikongwanli 发表于 2024-7-8 16:43
其他的二面角都能解决了，还剩3个死活不识别， 参数都已经添加到了ffbonded.itp中了，
C-S-S-S, S-S ...

仔细核对原子名称吧，都对上

qikongwanli

低调的板凳 发表于 2024-7-8 17:46
仔细核对原子名称吧，都对上

解决了，完美，非常感谢🎉。绞尽脑汁，终于彻底学会了非标准残基共价对接得MD模拟方法