使用Gromacs进行模拟需要将蛋白质中的金属原子删除吗

still · 发表于 Post on 2024-7-8 17:51:50

在使用Gromacs进行模拟前，需要将配体分子删除，需要删除蛋白质带的金属原子（比如锌原子）吗？

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-8 18:21:29

1. "将配体分子删除" really depends on your purpose. If you simulate protein-ligand system you need the ligand. In that case you need to prepare the topology of the ligand if it's not available.
2. If the metal is important for the protein you should keep it. Review literature about your protein before you make decision!

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-8 23:20:29

没有特殊原因不要删

能删除的配体分子通常仅限于作为环境的、可有可无的配体分子，重要位点的配体明显不能删（甚至是水分子）

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[GROMACS] 使用Gromacs进行模拟需要将蛋白质中的金属原子删除吗