求助利用amber22进行氨基酸突变计算热力学积分（TI）

HJP · 发表于 Post on 2024-7-10 22:10:49

我用amber18计算TI结果是正常的，但是用amber22计算的时候，FEP结果不正常，主要是bound结果偏大。有没有谁会用amber22进行蛋白质氨基酸突变的TI计算

k64_cc · 发表于 Post on 2024-7-11 12:58:21

计算细节？能量收敛性？采样收敛性？unbound两边结果一致吗？

HJP · 发表于 Post on 2024-7-12 18:07:15

就是因为unbound和bound的结果不一致，但是这个问题，我用amber18计算就没问题，是不是哪些参数在amber22不适用

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[Amber] 求助利用amber22进行氨基酸突变计算热力学积分（TI）