DFT扫描了二面角如何拟合得到GROMACS中使用的二面角参数

社会主义小战士

如题。
各位前辈好！
我这里有一个分子（图1），其中的X-Si-C-X二面角没有，准备通过DFT扫描的方法得到可以用于GROMACS模拟中的参数。

                           （图1）

通过DFT扫描，得到了Si-C键旋转360度的势垒（图2+图3），
其中（图2）是SCF能量转换为kJ/mol后的原始数据，（图3）是以最低点为0，平移后的能量。

                           （图2）

                           （图3）

现在就是需要根据这些数据来拟合得到可以用于GROMACS中的二面角参数

（包括  X    Si    C    X   9  phase (Deg.)  kd (kJ/mol)  pn ）中的phase (Deg.) kd (kJ/mol) 以及pn三个参数。

1. phase (Deg.)     相位角

2. kd (kJ/mol)      力常数

3. pn               周期数

通过编脚本自动化处理得到了这三个值：
                 K1 = 6.9972 kJ/mol
                 delta1 = 105.8373 degrees

                 K2 = 0.8367 kJ/mol
                 delta2 = 175.5926 degrees

                 K3 = 2.5788 kJ/mol
                 delta3 = −65.7083 degrees

                 ; name_i name_j name_k name_l funct. phase (Deg.) kd (kJ/mol)
                 X      SI     C      X      9      105.8373    6.9972       1
                 X      SI     C      X      9      175.5926    0.8367       2
                 X      SI     C      X      9      −65.7083    2.5788       3


我现在的问题是有以下几点没搞清楚：、
1. 直接将这个数据放到力场文件中的二面角部分么？
2. 数值上对比二面角（X   C   C   X       9    0.000    0.65084    3      ） 为什么差别这么大？X-C-C-X二面角的周期性为3，而X-Si-C-X二面角的周期性既有1也有2也有3？
3. 上述直接根据DFT扫描结果得到的二面角流程上是否有问题？

yaoyuan0711

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

社会主义小战士

yaoyuan0711 发表于 2024-7-23 11:41
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有缺失的二面角参数（X-Si-C-X）。

2421886719

老师您好，请问您是用什么脚本拟合的二面角参数呀，方便教教我嘛