关于蛋白质折叠MD和MC方法选择的问题

jackie · 发表于 Post on 2016-12-22 09:43:41

翻遍了现在所有的流行力场的文献，发现一个事实，就是：现在使用分子力场来测试力场的参数的适用性全是使用MD的方法来计算模拟大体系，一般可以得到与晶体结构相吻合的结构。但是问题来了，1. 也有文献报道使用MC方法(如Wang Langdau Algorithm）也可以较准确预测蛋白质折叠的问题，且效率更高，那为什么现如今的力场没有使用MC的方法呢？
2. 如果想要发展一种新的力场，进一步想要验证参数的合理性，除了用MD方法可不可以也使用MC的方法来预测大的蛋白体系呢？3. 因为从来没有用过这两种方法来计算体系，只是大致的了解了使用MD方法可以描述整个大分子的变化过程，而MC方法对于其中间过程是没有什么规律可循的。那如果使用两种方法都可以得到最终较准确的结构，我们可不可以选择效率更高的MC方法来做呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-22 12:19:36

只有个别文献才用，说明不成气候，即便某些情况或许效果更好但局限性大。何况支持蛋白力场的程序大多都是MD，直接就能用

jackie · 发表于 Post on 2016-12-22 14:21:44

sobereva 发表于 2016-12-22 12:19
只有个别文献才用，说明不成气候，即便某些情况或许效果更好但局限性大。何况支持蛋白力场的程序大多都是MD ...

但是老师，我们组新建立的模型和其他力场的模型不一样，做动力学这块是不是就不能直接用了？如果需要改源程序的话，老师您推荐使用哪个程序（或哪个改起来容易些）呢？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-22 15:02:13

jackie 发表于 2016-12-22 14:21
但是老师，我们组新建立的模型和其他力场的模型不一样，做动力学这块是不是就不能直接用了？如果需要改源 ...

现有的程序能不能直接用看你力场的函数形式是否被那些程序直接支持
tinker的程序结构往往被认为比较规矩，可以考虑从这个下手

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[综合交流] 关于蛋白质折叠MD和MC方法选择的问题