[5+2]环加成过渡态搜索，分步或协同机理的问题

Chemy · 发表于 Post on 2024-8-24 20:15:31

本帖最后由 Chemy 于 2024-8-25 19:03 编辑

各位老师好，最近在寻找类似Houk这篇文章中[5+2]环加成反应的过渡态(如图)，他们能够找到“concerted but asynchronous”的协同机理的过渡态，然而在我的底物下却始终只能搜索到分步的两种过渡态，不能找到协同过渡态。
1）我尝试使用B3LYP-D3(BJ)/6-31G(d,p)/IEFPCM(DMSO)进行几何优化和过渡态搜索，也尝试M06-2X/6-31G(d,p)/IEFPCM(DMSO)，初猜是用优化好的5+2产物，拉长两根成键C-C键键长并进行固定优化后作opt=ts的过渡态搜索，结果只有形成第二根C-C键的过渡态。
2）使用opt=modredundant固定两个C-C键键长2.0埃，固定优化并进行频率分析，可以得到想要的振动虚频，然而拿这个结构作初猜去做opt=ts，只能搜索出形成第二根C-C键的过渡态
3）尝试对两根C-C键在pm7的半经验方法下做二维柔性扫描，得到的势能面找不到能量最高的协同过渡态，但会找到一个先形成第一根C-C键的能量最低点结构。
请问各位老师，我是应该继续调整初猜结构搜索过渡态呢？还是换一种“5”片段再进行过渡态搜索？感觉这种协同非同步的过渡态好难找啊。

wjc404 · 发表于 Post on 2024-8-25 17:51:10

本帖最后由 wjc404 于 2024-8-25 17:53 编辑

Houk文章SI中的过渡态和IRC你能重复出来吗（原始复制它的XYZ去算opt=(ts,calcall,noeigen)能一步收敛，以及跑IRC形状确实像图画的那样）？以及你的底物和他文章用的有哪些差异？

Chemy · 发表于 Post on 2024-8-25 18:59:43

wjc404 发表于 2024-8-25 17:51
Houk文章SI中的过渡态和IRC你能重复出来吗（原始复制它的XYZ去算opt=(ts,calcall,noeigen)能一步收敛，以及 ...

感谢回复，Houk文章中是用ORCA优化的过渡态，我没用过，准备学习一下，并重复他的结果。我的底物是羟基对苯醌作为5片段，缺电子双键作2片段，和他的差异不大。

yuyangzap · 发表于 Post on 2024-8-26 13:46:25

保证计算方法严格一致重新算

lilf · 发表于 Post on 2024-8-27 15:15:56

反应物不同，机理不同吧

起个名字 · 发表于 Post on 2024-9-4 09:31:24

我在网站上算了一下，可以参考，能一步形成产物：
https://alphacat.deepchem.cn/sha ... 1f980a58208dcd03aea

Chemy · 发表于 Post on 2024-9-4 19:36:31

起个名字发表于 2024-9-4 09:31
我在网站上算了一下，可以参考，能一步形成产物：
https://alphacat.deepchem.cn/share#/detail/831d7b1dd ...

感谢回复，我重复了Houk的工作，能够完全重复出来。可能是我们这个体系的机理和他不同，导致找不到想要的过渡态

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