杂谈：手搓高性价比GPU集群

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-8-28 23:54:51

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-8-29 02:57 编辑

基于自己开发的服务器搭建的这套GPU集群已经在自己课题组里上线运行了一段时间，硬件如p1~6所示，跨节点并行计算性能完全符合预期，同时很稳定，至今从未出现过“掉卡”问题，比一些基于“大厂准系统”的8卡4090机器稳定多了。

目前只上架了3个计算节点，24块V100 SXM2 16GB，还不是“完全体”，主要原因是机房capacity不足（白嫖机房还要啥自行车），等几个月后学校的新机房建成，也许有机会进一步扩展。

“完全体”有3种规模，架构分别如p7~9所示。其中p8的144-GPU配置是最理想的状态——从架构上来说，平衡了集群规模和通信效率；从成本来说，IB连接线可以全部采用廉价的DAC铜缆；从实施来说，刚好用满3个2x10kW容量的标准机柜。对于大多数搞科学计算研究的实验室来说，有一套由144块V100组成的、架构类似于初代NVIDIA DGX SuperPOD（核心特性是GPU-Direct RDMA）的、支持全机组高效并行的GPU集群，就可以做“很多事情”了。

这套集群中，CPU、GPU、IB HCA、IB交换机、IB DAC铜缆都是二手的，计算节点是由我“二次开发”的，有大量的定制配件。所有硬件都是公费采购，计算节点每台4万CNY，IB交换机每台8000CNY，IB DAC铜缆根据长度从70~280CNY不等。144-GPU的“理想配置”，不到80万CNY就能搞定，对于绝大多数科学计算和AI4S 应用，性能都可以达到一台HGX-H100-8GPU服务器的3-4倍，而后者目前的单价超过250万CNY；也就是说，此方案在硬件层面的性价比是H100的10倍以上。

硬件细节和具体应用场景下case-by-case的测试以后有空再发文细说。几个月前就想发一些benchmark文章讨论GPU加速在第一性原理计算以及一些AI4S应用中的实际性能，顺便介绍我自己二次开发的服务器，但是由于各种原因一直推迟，不同平台的benchmark数据倒是积累了快1000条了……

wxyhgk · 发表于 Post on 2024-8-29 13:00:58

有钱真好

wakakasa · 发表于 Post on 2024-8-29 15:56:24

有钱真好，水平也真高，我只想要一套1万以内的GPU配置

目前还不会计算 · 发表于 Post on 2024-8-30 15:27:59

我配件刚卖了，还剩下个cpu, 今天看到你发8卡服务器的图，终于找到了主板的型号。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2024-9-7 21:02:15

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2024-9-8 00:01 编辑

看到很多人搞不明白Slurm的CGroup相关配置以及GPU-NUMA Affinity的问题，甚至一些“大厂工程师”都搞不明白（如http://bbs.keinsci.com/thread-47523-2-1.html #19楼），遂在此潦草写几句。

http://bbs.keinsci.com/thread-31472-1-1.html 此贴所述方法不优雅、非主流、功能残疾

使用正确版本的OS和Slurm，从头编译安装Slurm，添加合适的编译参数，正确配置CGroup、GRES以及一些Partition参数，即可实现Job之间资源隔离（job只能看到分配给自己的GPU和CPU，故GMX命令不需要设置GPU_ID和pinoffset）、实现GPU-NUMA Affinity（为GPU分配最近的CPU）。用户最少只需要在sbatch脚本中指定1行参数（gpu数量），其余参数全部默认，即可自动获得当前硬件平台下的最优性能。

对于多节点的情况，启用pam_slurm_adopt，正确配置/etc/pam.d、/etc/security目录下的配置文件，即可实现：用户在没有Job时无法登录计算节点，有Job时登录计算节点只能看到节点上最近一个Job的资源。

至于具体操作，务必不要follow除Slurm官网手册以外的任何资料，无论中英文。

是ystian · 发表于 Post on 2024-9-25 13:46:19

老师您好，最近我自己尝试配了双2080ti的主机进行VASP的计算，还购买了NVlink对两张卡进行连接，我想请教您NVlinke对于显卡的计算速度有没有提升。我询问这个问题的原因是，经过自己的测试好像NVlink没有起到提速的作用，也或许是因为没有正确对NVlink的部分进行设置有关？请您不吝赐教。

娃哈哈666 · 发表于 Post on 2024-10-11 15:00:02

是ystian 发表于 2024-9-25 13:46
老师您好，最近我自己尝试配了双2080ti的主机进行VASP的计算，还购买了NVlink对两张卡进行连接，我想请教您 ...

你好，请问两张2080ti跑vasp计算快吗？我看vasp好像比较吃双精度算力，我这里有一张P100感觉速度还可以，我想看看2080ti的速度如何

是ystian · 发表于 Post on 2024-12-12 10:31:35

娃哈哈666 发表于 2024-10-11 15:00
你好，请问两张2080ti跑vasp计算快吗？我看vasp好像比较吃双精度算力，我这里有一张P100感觉速度还可以， ...

速度还可以，就是最终计算结果在复杂情况下和CPU计算结果有出入。我之前也想上P100，但是害怕坏卡率太高，没买P100

xujc1983 · 发表于 Post on 2024-12-18 11:18:52

娃哈哈666 发表于 2024-10-11 15:00
你好，请问两张2080ti跑vasp计算快吗？我看vasp好像比较吃双精度算力，我这里有一张P100感觉速度还可以， ...

借宝地问一句：
1张P100速度还可以？
我自己的1张P100跑起来，怎么感觉比多核CPU要慢很多，不清楚哪里没有搞对

而且还是ACC版的

ljb874722957 · 发表于 Post on 2024-12-25 12:29:04

老师您好，为什么我配置的3080比集群上A4000的要慢，一样的vasp版本，一样的输入文件，是由于编译的原因吗？

enine · 发表于 Post on 2024-12-31 09:44:49

这个手搓版GPU有意思，一个单路主板带这么多GPU，我看主板是TYAN s8030的吧！有创意

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[GPU加速] 杂谈：手搓高性价比GPU集群

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