关于溶剂对分子构型影响的交流

chiweijie · 发表于 Post on 2016-12-28 22:30:24

本人打算考虑不同的溶剂对分子构型的影响，初步打算采用高斯中的ONIOM优化溶剂+分子的构型，溶剂作为低层，所研究的分子作为高层，现在比较困惑的是，溶剂应该如何摆放和摆放多少呢？是人为手动摆放吗？先谢过各位了。

wbn · 发表于 Post on 2016-12-29 02:17:17

我觉得研究溶剂对分子构型影响直接用隐式溶剂模型算算就好了。显式溶剂模型溶剂分子的排放对溶质构型影响太大了，算几千个构型也不一定能得到有统计学意义的结果，而且由于溶剂分子的限制溶质分子并不会太偏离初始构型，优化就没什么意义。要么就是用AIMD或者QM/MM方法做

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-12-29 08:22:43

是不是需要用gromacs来做？就是通常他们说的什么什么盒子？

chiweijie · 发表于 Post on 2016-12-29 09:47:16

wbn 发表于 2016-12-29 02:17
我觉得研究溶剂对分子构型影响直接用隐式溶剂模型算算就好了。显式溶剂模型溶剂分子的排放对溶质构型影响太 ...

多谢，也有用QM/MM计算的想法.

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