求助：关于跨越盒子无限长体系的轨迹问题

古德猫宁341 · 发表于 Post on 2024-9-11 11:03:37

各位老师好，我用polymatic建立了一个聚双环戊二烯的结构。由于这个结构存在跨越盒子的键，我用sob老师在sobtop网站中的例六的方法生成的top和itp文件，设置periodic-molecules = yes，然后跑动力学，动力学的过程全程没有报错。但是我后续对轨迹进行分析的时候（如计算RMSF），gmx会提示“There were 268 inconsistent shifts. Check your topology”。请问这种情况是正常的吗？这样计算得到的结果是合理的吗？

youknowdcf · 发表于 Post on 2024-11-11 11:10:19

正常的

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[GROMACS] 求助：关于跨越盒子无限长体系的轨迹问题