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[GROMACS] 求助:Gromacs模拟Zn金属和电解液的界面快照

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各位老师,我利用Gromacs模拟锌金属和电解液的界面得到如下快照,为什么最后在界面处明显看到电解液出现分布不均的现象啊(如图框中所示)

202409121604122459..png (780.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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发表于 Post on 2024-9-12 17:23:22 | 只看该作者 Only view this author
体现了液体与表面的相互作用特征
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-12 17:57:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-12 17:23
体现了液体与表面的相互作用特征

谢谢老师回复,那在模拟过程中这个是正常对吗?

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发表于 Post on 2024-9-12 20:41:31 | 只看该作者 Only view this author
请问能否分享下em和prod的.mdp文件,我在模拟固液界面能量最小化的时候一直无法收敛

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发表于 Post on 2024-9-13 02:22:28 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2024-9-12 17:57
谢谢老师回复,那在模拟过程中这个是正常对吗?

正常
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-8 20:47:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xjw 于 2024-11-8 20:50 编辑

老师您好,我在做界面模拟的时候,做了加正向电压和反向电压以及不加电压三种情况,但是这三种情况计算出来的分子在z轴上的密度分布相差很小,如下图1,这个情况正常吗?我本来想的是加不同方向电压带电荷的离子分布具有较大的差异,我在文献中看到有较大差异如图2

202411082046544309..png (30.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

图1

图1

202411082050282959..png (50.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202411082050282959..png

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发表于 Post on 2025-3-1 14:48:42 | 只看该作者 Only view this author
gromacs应该是控制电场强度吧,单位应该是V/nm
我测试的也是不同电场下差别不明显。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-14 07:34:07 | 只看该作者 Only view this author
mol 发表于 2025-3-1 14:48
gromacs应该是控制电场强度吧,单位应该是V/nm
我测试的也是不同电场下差别不明显。

确实没啥大的区别

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