利用Gromacs对TPU链端进行模拟，长链无法形成螺旋结构

zhangshu · 发表于 Post on 2024-9-29 17:15:05

本帖最后由 zhangshu 于 2024-9-29 17:21 编辑

我们组通过实验方法合成了名为TPU的含O链段（含有28个O段重复单元），结构如下：

我们通过实验测得O段可以通过配位作用来束缚Li离子，其他人的文章中也通过Gromacs程序证明了O与Li的配位作用（文献为：https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemmater.8b01955）

然而我也利用Gromacs对TPU长链进行了模拟，却发现TPU根本无法弯曲对Li形成包覆。（绿色的点是Li）

我不知道是不是我的某些参数是不是设置错了，我是通过社长开发的sobtop程序生成对应的相关拓扑文件，但TPU长链并没有进行几何结构优化而是直接建模并算了个单点能后使用，不知道这个会不会有影响？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 02:20:55

GROMACS根本不是量化程序，不要发到量子化学版块。这次给你移动了，以后注意，避免扰乱论坛讨论秩序

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-30 02:22:51

先确保原子电荷合理
把Li+一开始就放到要结合的位置再开始模拟，免得MD过程中Li+始终运动不到应当结合的位置。如果之前是带水模型的，可以先尝试真空下MD，等结合了再加上溶剂

zhangshu · 发表于 Post on 2024-10-5 19:10:36

sobereva 发表于 2024-9-30 02:20
GROMACS根本不是量化程序，不要发到量子化学版块。这次给你移动了，以后注意，避免扰乱论坛讨论秩序

收到，下次注意

zhangshu · 发表于 Post on 2024-10-5 19:10:57

sobereva 发表于 2024-9-30 02:22
先确保原子电荷合理
把Li+一开始就放到要结合的位置再开始模拟，免得MD过程中Li+始终运动不到应当结合的位 ...

好的社长，我先试试

k64_cc · 发表于 Post on 2024-10-5 21:47:21

别的先不说，最后一张图那俩黑色的竖线是啥？是自己画的还是cell？

zhangshu · 发表于 Post on 2024-10-16 15:52:43

k64_cc 发表于 2024-10-5 21:47
别的先不说，最后一张图那俩黑色的竖线是啥？是自己画的还是cell？

是cell，因为把体系放大了，所以只剩两个黑线了

k64_cc · 发表于 Post on 2024-10-18 15:25:46

zhangshu 发表于 2024-10-16 15:52
是cell，因为把体系放大了，所以只剩两个黑线了

如果这样的话，那么你box都没能把分子整个装下，分子两端都有相互作用了，属于not even wrong

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