对NaCl熔盐MD模拟，使用gmx计算Cl的MSD时程序报错

夜灯-小凡 · 发表于 Post on 2024-10-6 10:38:19

本帖最后由夜灯-小凡于 2024-10-7 11:54 编辑

各位老师，学生在学习CP2K的分子动力学模拟时（北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的讲义），计算MSD时遇到与讲义不同的报错结果，最终输出结果为“Frame 1 has non-integral time 0.002000”，无法计算MSD。具体流程和输出信息如下图：

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-7 02:09:47

无效提问，图也没有
说“讲义”、“论文”、“教程”、“帖子”之类的时候都一律说清楚具体指什么，下文强调了
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

没前提我只能假定你说的是北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）的讲义

夜灯-小凡 · 发表于 Post on 2024-10-7 11:54:11

sobereva 发表于 2024-10-7 02:09
无效提问，图也没有
说“讲义”、“论文”、“教程”、“帖子”之类的时候都一律说清楚具体指什么，下文强 ...

不好意思老师，图片用得外链结果外链挂了没显示出来，已上传新的能够正常显示的附件QAQ

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-7 12:57:42

用比较经典的比如gmx 2018.8试试（如果处理我课上给的文件、重复讲义里的例子都有这个问题的话，那8成就是gmx当前版本的问题）
也可以尝试双精度版本gmx

夜灯-小凡 · 发表于 Post on 2024-10-7 17:44:31

sobereva 发表于 2024-10-7 12:57
用比较经典的比如gmx 2018.8试试（如果处理我课上给的文件、重复讲义里的例子都有这个问题的话，那8成就是g ...

更换了2018版本的gromacs，问题完美的解决了，得到了与讲义一致的结果，感谢卢老师！

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