欢迎参加第15届北京科音分子动力学与GROMACS培训班，系统学习动力学模拟！（11月2日）

sobereva

2024-10-17更新：本培训的报名已于http://www.keinsci.com/workshop/15KGMX页面正式开始，以下内容为培训报名开始前的预告信息



北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）将于2024年11月2-5日于北京举办“第15届北京科音分子动力学与GROMACS培训班”。本文为报名预告，培训正式报名将于2024年10月17日中午12:00在北京科音官网的http://www.keinsci.com/workshop/15KGMX页面正式开始，欢迎参加并相互转告！希望一次性完整、系统性学习分子力学模拟与GROMACS程序者切勿错过这个难得的机会！

与培训有关的信息，如报名流程、发票、住宿、讲义、有没有线上培训、邀请函等问题，请见《北京科音办的培训班FAQ》（http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html）。如果仔细看了FAQ对于培训仍有不清楚的问题，请发电子邮件到北京科音官方邮箱keinsci[at]sina.com咨询。本培训更多细节信息可参考上一届（第14届）的培训的正式通知：http://www.keinsci.com/workshop/14KGMX。

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培训简介

分子动力学模拟如今在化学领域有着极其广泛的应用，相关研究文章和研究者数目迅猛增长。GROMACS（http://www.gromacs.org）是目前流行程度最高、速度几乎最快、适用性非常广而且开源免费的十分强大的分子动力学程序，不同动力学程序流行度对比见《2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果》（http://sobereva.com/706）。北京科音分子动力学与GROMACS培训班是真正一次性完整、系统学习分子动力学模拟和GROMACS程序使用的极佳机会！本培训将会用简单易懂的语言和非常丰富的实例，尽最大可能以最好、最快、最正确的方式带领参加者顺利踏入分子动力学模拟的大门，在了解分子动力学基础知识的同时能够通过GROMACS程序顺利、合理地完成各种常见体系的分子动力学模拟任务，并学会如何对结果进行分析处理来获得对研究工作有用的数据。本培训既适合初学者从零起步迅速上手分子动力学模拟，也非常适合已经具备一定研究经验者提升整体模拟水平。本培训涉及的内容相当广泛、极其系统，对分子模拟技术和GROMACS程序的各方面都有很全面的讲解。只要把这个培训班的内容完全掌握，稍加举一反三，对各种类型的体系就都能理想、顺利地进行模拟，哪怕是培训中没有举例的模拟体系。

本培训对于分子动力学和GROMACS初学者是绝对不容错过的。分子动力学模拟研究涉及的知识相当广泛和琐碎，GROMACS也完全不是黑箱式的程序，涉及的操作、命令、细节极多，新人光是自己啃讲授基本理论的书籍和照着网上缺乏系统性的零七八碎的（很多还是严重误人子弟的）资料鼓捣，极难正确摸索出门道，距离能算出有意义的数据并发表文章遥遥无期，还总是会由于犯低级错误导致白白浪费巨量时间和计算资源、投文章后被审稿人告知模拟方法存在严重不合理性而被拒或者需要重算！而本培训则可以为初学者上手分子动力学计算扫清各种可能涉及到的障碍，彻底理清头绪，一次性搞懂如何正确地建模、计算和恰当地分析结果，最最起码能节约他们半年自己摸索的时间。本培训内容详实程度就像宝典，即便在初学者已经入门后，时常反复复习加深印象，水平还可以再进一步提升。即便是由于特殊原因需要使用AMBER、NAMD、LAMMPS等其它动力学程序的初学者，本培训对他们也十分有好处，因为用不同动力学程序做模拟所需要的背景知识极大程度上都是共通的，一旦通过参加本培训玩转了GROMACS和VMD并同时具备了足够的分子模拟的理论知识，自己看相关手册和教程上手其它动力学模拟程序也就没有什么难度了。

本培训的内容深度绝非仅限于初级的水平，而是入门+提高。本培训涉及的模拟体系和问题广泛，对模拟技术和GROMACS程序各方面有特别系统、全面和深入的讲解，并穿插介绍大量经验技巧，因此也非常适合已具备一定分子动力学知识和GROMACS使用经验的研究者进一步提升水平、查缺补漏。往届培训中有不少使用GROMACS经验超过十年的很有经验的分子动力学研究者都表示参加之后学到了很多东西，评价道：“我干MD干了11年都觉得这次培训收获颇丰，把之前学习到的知识查缺补漏，而且学习到了很多网上找不到的方法”。值得一提的是，一些研究者自以为自己已经会做分子动力学了，但他们往往实际上只是懂一些皮毛程度的基础操作而已、能凑合把动力学跑起来，实则知识架构凌乱、知识面狭窄，大量非常重要的技术、技巧、方法、经验都没有具备，而且对一些问题还有错误的认识、偏见和误解，自己却长期浑然不知。参加本培训真正好好完整、正确地学一遍，对于这样程度的学员极有好处，明显有助于他们更好、更快地做出优秀的成果。

历届北京科音分子动力学与GROMACS培训班由于极高的含金量、精心的安排、讲授者认真的态度以及良心的价格，获得了参加者们的高度好评，非常欢迎浏览历届本系列培训的回顾和学员参加后的感想：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=43&filter=typeid&typeid=248。本届培训班将一如既往保持北京科音培训的高水准，继续对质量有最苛刻的要求！

本届内容在往届基础上又进行了更新、完善和增补，包括但不限于：

• 分子力场：加入了GAFF2、phosaa14SB、phosaa19SB的介绍，加入了ABCG2原子电荷的介绍，加入了Reactive INTERFACE (IFF-R)反应力场的介绍
• GROMACS的使用基础：加入了利用pull设置加特定方向常外力的方法、“GPU占用率低怎么办？”
• 多相体系的模拟：加入了wall的使用的非常详细的介绍和实际例子
• 溶剂模型：加入了TIP5P-BG和TIP5P-BGT的简介
• 蛋白质的模拟：加入了Alphafold 3的介绍和在线服务器的简要使用说明
  

附：GROMACS是什么？适合模拟什么？
GROMACS（http://www.gromacs.org）是最流行的分子动力学模拟程序，用户数目甚至比起其它所有动力学程序总和还要多！GROMACS之所以如此流行，在于它有诸多关键性优点：速度极快（是所有主流动力学程序里基本上最快的）、开源免费、功能全面、十分灵活、用户群庞大（因此有问题很容易得到同行帮助、有同行开发的大量第三方辅助工具可用）。GROMACS是通用目的，对一个体系只要提供了合适的力场（可以是GROMACS自带的、文献中获取的、Sobtop等第三方工具产生的），GROMACS就能模拟，能研究的体系包括但绝不仅限于：气相分子、小分子溶液、离子液体、熔盐、纳米体系、固-液界面、气-液界面、分子晶体、无机矿物、金属、聚合物、蛋白质、核酸、糖类、生物膜。值得一提的是，在网上会看到有某些人声称“GROMACS主要适合的是模拟生物体系”，这完全是以讹传讹，他们对GROMACS就连皮毛程度的认识都没有。GROMACS非常擅长模拟生物分子体系，而生物分子体系绝对不是强大、普适的GROMACS只擅长的。在Google学术搜索上稍微花点时间就会了解到GROMACS研究的体系和问题真是极其广泛。由于GROMACS的前述诸多优点，凡是GROMACS能计算的问题，GROMACS都是绝对优先推荐使用的程序，也因此GROMACS是学习分子动力学模拟最最应当优先掌握的程序。也应当知道GROMACS有一个明显局限性是不支持模拟动力学过程中共价键形成和断裂的情况，如果要模拟凝聚相体系动力学中涉及化学键改变的问题，可以使用CP2K程序做第一性原理动力学实现。GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多，例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式，需要用EAM等多体势才行，这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html），里面有充分的相关讲解，但在参加CP2K培训之前仍强烈建议先参加一次分子动力学与GROMACS培训班系统性学习一遍动力学模拟的各方面背景知识和相关辅助分析程序的使用，这些关键内容在CP2K培训里不再重复讲授。


培训内容

本培训的讲授提纲如下。由于讲授内容过于丰富，介绍文字非常多，因此不在这里贴出，请见培训详细介绍页面：http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html#content。

• 分子动力学与GROMACS概述
• 分子力场
• 分子动力学的基本原理与算法
• 溶剂模型
• GROMACS的使用基础
• VMD的使用
• VMD分析脚本的编写
• Packmol的使用
• 均相体系的模拟与性质的计算
• 多相体系的模拟
• 气相分子、分子团簇与纳米液滴的模拟
• 蛋白质的模拟
• 蛋白质-配体复合物的模拟
• 核酸的模拟
• 生物膜与膜蛋白的模拟
• 纳米球、管、板的模拟
• 金属的模拟
• 用aNCI与空间分布函数方法分析分子间相互作用
• 分子动力学相关书籍
  

我们精心制作的极高含金量的培训用的幻灯片多达1600多页，提供的相关文件多达1900多个。由于课程内容过于丰富，现场的4天无法全部讲完，因此还另提供约10个小时的补充视频讲课上来不及讲的主题。培训还有专属的QQ群，培训结束后10天内如果对培训所讲的内容有任何疑问、没完全搞懂的地方都可以在群里提问。即便在群解散后，讲授者卢老师依然会永久地、无偿地在总共9000人的规模巨大、极其活跃的综合性计算化学QQ交流群“思想家公社”（18616395、466017436、764390338，能搜到哪个说明哪个能加）和特别专业、人气极高的计算化学论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）中对学员学习和科研过程中遇到的问题进行解答。特别值得一提的是，参加本培训后在思想家公社QQ群中可以向管理员申请添加VIP头衔，之后在提问时会得到群主（讲授者卢老师）的远高于普通成员优先级的解答！


讲授者介绍

卢天

卢天任北京科音自然科学研究中心主任，是规模最大的共计9000人的计算化学综合交流群“思想家公社”QQ群（18616395、466017436、764390338）的群主、人气最高且专业性最强的综合性计算化学交流论坛“计算化学公社”（http://bbs.keinsci.com）的创立者和维护者，有超过17年GROMACS使用经验，并长年累月在网上热心、义务解答海量计算化学问题，包括大量的分子动力学与GROMACS相关问题，还开发了如今已经颇为流行的灵活强大的GROMACS拓扑文件创建工具Sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）。卢天在分子动力学模拟方面有丰富的经验和深入的研究，发表论文上百篇，被引用超过40000次，连续入选Elsevier中国高被引学者名单、全球学者库网站公布的全球排名前10000的中国学者名单，担任80多种国际性期刊的审稿人。卢天讲授过50多期北京科音举办的各类计算化学培训，累计学员逾万人，深受历届学员的好评。个人详细介绍见http://www.keinsci.com/members/Tian_Lu.shtml。


培训费用

本培训现场授课共四天，共计4*8=32小时。由于内容实在太丰富，在课堂上有限的时间内无法全部讲完，故另提供10个小时的额外补充视频，因此等同于4+1天。费用如下：
学生自费价：1650元
教师（含博士后）以及企业人员自费价：1950元
学生公费价：2450元
教师（含博士后）公费价：2700元
企业人员公费价：3000元

报名前请确认自己届时可以参加，如果报名并完成付款后才告知我们无法现场参加培训，则只可退回报名费的2/3，或者联系我们转为下述不到现场参加的情况。

关于不到现场参加的情况：如果因故不便到现场参加，可以照常报名并付款（和到现场听课的费用相同），然后由我们快递寄送印有全部培训所用幻灯片的极高含金量的讲义，通过提供的链接下载课上用到的所有电子资料，在培训完全结束后还可以在培训班专用网盘里下载现场的全程培训录音。由此通过讲义+录音+电子资料的方式自学也可以达到不错的学习效果。如果有任何搞不懂的都可以在培训群里问，会及时得到详细的解答。此类学员请在发送报名邮件的时候需注明是不到现场的，我们没有名额限制（注意这不叫线上培训，请勿向我们发邮件问是否有线上培训，本培训绝对不会有线上形式，既没有现场视频也没有现场直播，原因在《北京科音办的培训班FAQ》http://www.keinsci.com/FAQ.html里红字写明了）。