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[Gaussian/gview] Gaussian做扫描怎么设置一个原子绕着一个分子中某个键的轴旋转

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我想让一个原子绕着一个分子的C-C键的那条轴旋转180°做柔性扫描,如下附件,13号原子绕着C4-C5这个轴旋转,在Gaussian中该如何设置,试过加在C4-C5中间加虚原子,但是会报错,或者不是预想中的扫描结果
请问这种情况应该怎么设置

ben.tif

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发表于 Post on 2024-10-11 15:57:30 | 只看该作者 Only view this author
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-11 16:09:13 | 只看该作者 Only view this author
Dyyyzz 发表于 2024-10-11 15:57
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

那样不是绕着C4-C5轴转的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-11 16:21:49 | 只看该作者 Only view this author
Dyyyzz 发表于 2024-10-11 15:57
用13-4-5-11或13-5-4-10二面角的角度变化做扫描。

那只是个例子,比如这种分子,原子绕着上面的C-C键旋转该怎么设置

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发表于 Post on 2024-10-11 19:57:31 | 只看该作者 Only view this author
图片要直接贴,不要作为普通附件上传
贴图前把多余的白边去掉,恰当调整尺寸
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发表于 Post on 2024-10-11 19:58:50 | 只看该作者 Only view this author
1848820738 发表于 2024-10-11 16:21
那只是个例子,比如这种分子,原子绕着上面的C-C键旋转该怎么设置

没法设置
自行写程序产生一批坐标,批量做单点计算
要么在键中央加个虚原子,在gview里手动一次次调整C-C-X-Li二面角,产生一批坐标
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-11 20:23:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-11 19:58
没法设置
自行写程序产生一批坐标,批量做单点计算
要么在键中央加个虚原子,在gview里手动一次次调整C ...

好的,谢谢sob老师

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