利用CP2K跑振动分析所需内存太大，应如何调整？

HanC

sob老师和各位老师好，
  想请教下关于利用CP2K跑振动分析任务时，应如何合理的使用内存可以很好的完成任务。我租的是一台128核256线程的机器，可用内存是251G。但是在运行TSguessfreq.inp做振动分析是无法运行的（可运行其他结构优化任务），所用命令是mpirun --use-hwthread-cpus -np 256 cp2k.popt TSguessfreq.inp |tee TSguessfreq.out。后发现是运行内存要求过大，然后尝试两种方式进行运行：
  1.调整输入文件中的 NPROC_REP 1#Number of processors to be used per replica. This is default该设置，当设置为16时是查看内存是用241G但后续提示仍无法运行，想来可能是后续所用内存更大，使得所用内存爆掉无法正常运行任务，。 后调整到64时，任务可用运行一段时间，（但会突然停止让任务无法运行，因任务失败重新运行，原结果文件被覆盖故无法向老师们呈现），就是运行一定电子步后会突然停止，也没有出现任何停止原因和警告。
  2.利用其他命令调用的方式mpirun -np 32 -x OMP_NUM_THREADS=8 cp2k.popt TSguessfreq.inp |tee TSguessfreq.out
                                        mpirun -np 64 -x OMP_NUM_THREADS=4 cp2k.popt TSguessfreq.inp |tee TSguessfreq.out     这两种方式尝试时设置了NPROC_REP 1进行运行出现了系统崩溃的情况。


  想向各位老师请教，应如何设置输入文件，或如何调用命令可以很好的调用内存来让任务顺利运行完成呢，两种方法同时使用是否能够让任务很好的运行？比如设置NPROC_REP 64 再利用mpirun -np 32 -x OMP_NUM_THREADS=8 cp2k.popt TSguessfreq.inp |tee TSguessfreq.out的方式进行调用，是否可以完成振动分析任务？

sobereva

本来并行核数就绝对不应该超过物理核心数， -np 256严重不当
-np 64 -x OMP_NUM_THREADS=4不仅核数超了，而且popt版根本没法OpenMP并行，这要用psmp版，下文明确说了
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

HanC

sobereva 发表于 2024-10-17 14:05
本来并行核数就绝对不应该超过物理核心数， -np 256严重不当
-np 64 -x OMP_NUM_THREADS=4不仅核数超了， ...

  感谢sob老师回复！ 我误认为-np是按照线程数输入的所以64*4对应的是256线程，此前课程我记得sob老师明确讲过popt和psmp版本的差异，但在之前使用中有人给我讲解说在2024版本上cp2k.popt  是  psmp的软链接 在这个版本里面   popt == psmp 。所以之前我一直用的popt版本。我刚重新尝试了命令为：“mpirun -np 32 -x OMP_NUM_THREADS=4 cp2k.psmp TSguessfreq.inp |tee TSguessfreq.out ”  输入文件中 NPROC_REP 1 的设置。但是出现了如下的报错 。请问应如何修改可以让任务正常运行呢？

sobereva

HanC 发表于 2024-10-17 14:28
感谢sob老师回复！ 我误认为-np是按照线程数输入的所以64*4对应的是256线程，此前课程我记得sob老师明 ...

看副本的out文件末尾的内容判断

HanC

sobereva 发表于 2024-10-20 10:04
看副本的out文件末尾的内容判断

感谢sob老师回复