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[新手求助] 求助m062x和wb97xd对于含金属镍体系的单点能计算

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求助,我正在计算含金属镍催化的有机反应动力学热力学分析。对于一些含金属镍及配体的结构,我使用m062x/def2tzvp进行优化,之后是否有必要使用wb97xd/def2tzvpp去计算单点能?(考虑到m062x对的主族特性)

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发表于 Post on 2024-10-19 09:04:26 | 只看该作者 Only view this author
为嘛不直接用wb97xd优化?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-19 09:32:27 | 只看该作者 Only view this author
aaq2800 发表于 2024-10-19 09:04
为嘛不直接用wb97xd优化?

wb97xd很容易出现各种不收敛,从几何优化到SCF。虽然一定概率能解决,但对于复杂一点的体系就非常麻烦。文献中也有直接使用M062x的,所以我就用了m062x做优化,的确简单了很多。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-19 10:04:50 | 只看该作者 Only view this author
leoliu 发表于 2024-10-19 09:32
wb97xd很容易出现各种不收敛,从几何优化到SCF。虽然一定概率能解决,但对于复杂一点的体系就非常麻烦。 ...

各位老师评价一下使用wb97xd进行单点能计算的合理性,我主要是害怕泛函的方法在数学设计上有某种不兼容,这样就是科学性问题了。

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鸩羽

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发表于 Post on 2024-10-19 14:57:46 | 只看该作者 Only view this author
切泛函算单点倒是没什么问题,但是拿M06-2X优化过渡金属体系,这个真的合适吗
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2024-10-19 16:15:11 | 只看该作者 Only view this author
确实,需要考虑M06-2X优化过渡金属体系是否合理
参考http://sobereva.com/272

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:27:45 | 只看该作者 Only view this author
zhangxy 发表于 2024-10-19 16:15
确实,需要考虑M06-2X优化过渡金属体系是否合理
参考http://sobereva.com/272

是的,但是我只涉及热力学计算,对于激发态等等都不涉及,而且主要是有机体系。所以我才想发上来问问

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 10:30:26 | 只看该作者 Only view this author
leoliu 发表于 2024-10-20 10:27
是的,但是我只涉及热力学计算,对于激发态等等都不涉及,而且主要是有机体系。所以我才想发上来问问

一个大有机体系里也就只有一个金属原子

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发表于 Post on 2024-10-20 14:50:39 | 只看该作者 Only view this author
leoliu 发表于 2024-10-19 09:32
wb97xd很容易出现各种不收敛,从几何优化到SCF。虽然一定概率能解决,但对于复杂一点的体系就非常麻烦。 ...

M06-2X的问题远多于wB97XD!别盲目效仿文献。M06-2X又贵又难收敛又容易出虚频,没事甭用这个做opt freq
你这么计算自找被审稿人comment,仔细看下文
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html
并且仔细看下文
不同DFT泛函的HF成份一览
http://sobereva.com/282http://bbs.keinsci.com/thread-807-1-1.html

优化用PBE0-D3(BJ)。单点用什么取决于反应发生在哪,对于Gaussian用户,牵扯过渡金属成键断键用PBE0-D3(BJ)或MN15,其它情况把具体反应式贴出来

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-20 14:55:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 14:50
M06-2X的问题远多于wB97XD!别盲目效仿文献。M06-2X又贵又难收敛又容易出虚频,没事甭用这个做opt freq
...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2025-8-29 11:21:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-20 14:50
M06-2X的问题远多于wB97XD!别盲目效仿文献。M06-2X又贵又难收敛又容易出虚频,没事甭用这个做opt freq
...

老师好,想请教老师一个跟原贴相关泛函的问题。我的反应主体是附件这个磺胺类物质,想对比高铁酸钾降解这个物质和羟基自由基降解的产物和单点能。我尝试选一种泛函能够平衡过渡金属、自由基、且有大共轭体系(老师您提过大共轭体系建议用wB97XD,不知道这个物质算不算大共轭体系)。然后去做结构优化和过渡态搜索时,试了b3lyp、m062x、PBE0和wB97XD,该加色散矫正的都加了。想问老师,这种情况,最适合用哪个泛函呢?以及后续单点能计算时,是分别考虑物质本身最适合的泛函,还是对比单点能时也建议统一泛函呢?

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发表于 Post on 2025-8-29 17:48:16 | 只看该作者 Only view this author
luckyresearcher 发表于 2025-8-29 11:21
老师好,想请教老师一个跟原贴相关泛函的问题。我的反应主体是附件这个磺胺类物质,想对比高铁酸钾降解这 ...

可以用MN15
如果能量不需要横向对比,就可以用各自最适合的,否则用描述这三种情况相对较为均衡的MN15(或者精度更好的双杂化泛函revDSD-PBEP86-D3(BJ)。如果会用ORCA,则建议用更好的wB97M-V)
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发表于 Post on 2025-9-1 13:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-29 17:48
可以用MN15
如果能量不需要横向对比,就可以用各自最适合的,否则用描述这三种情况相对较为均衡的MN15( ...

谢谢老师,如果考虑过渡金属不参与配位反应,高铁酸钾在水中分解时,仅通过单电子转移产生自由基攻击有机污染物,此时选wB97XD是否比较合适呢?

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发表于 Post on 2025-9-2 09:15:19 | 只看该作者 Only view this author
luckyresearcher 发表于 2025-9-1 13:01
谢谢老师,如果考虑过渡金属不参与配位反应,高铁酸钾在水中分解时,仅通过单电子转移产生自由基攻击有机 ...

可以
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