计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 196|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 如何根据自由能形貌图提取能量最低、最稳定的构象?

[复制链接 Copy URL]

297

帖子

0

威望

529

eV
积分
826

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,模拟轨迹时长为50ns,我根据RMSD值、Rg值通过gmx sham 命令绘制了自由能形貌图,之后根据shamlog.log和b index.ndx文件寻找能量最低点,发现能量最低状态对应的帧数非常多,想问一下各位老师这种情况,该怎么找到复合物能量最低、构象最稳定所对应的帧数?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-10-26 00:00:38 | 只看该作者 Only view this author
origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

297

帖子

0

威望

529

eV
积分
826

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-26 12:44:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-26 00:00
origin绘制散点图时直接就能把散点对应的序号显示出来

请问sob老师,绘制散点图用的是哪个数据文件呀?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:55 , Processed in 0.177518 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list