求助做甲烷在水中模拟时packmol建立盒子的尺寸问题

hzx · 发表于 Post on 2024-10-29 16:57:03

各位大神好，我做的是甲烷在水中求溶液中甲烷的扩散系数，用packmol建立盒子，我是先定甲烷数量，根据甲烷数量和甲烷在水里的溶解度算水的数量，再根据水的密度和单个水的体积算盒子的大小
问题：盒子大小算出多大用多大吗，还是给他流出预留空间，流出空间会不会对结果产生影响，这里面有什么说法没有

pal · 发表于 Post on 2024-10-29 17:03:45

需要略大一些不然塞不下那么多分子，之后要做npt调节盒子大小

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-30 01:54:49

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “扩散系数packmol建立盒子” 改了，以后务必注意！

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[GROMACS] 求助做甲烷在水中模拟时packmol建立盒子的尺寸问题