Autoff产生的opls参数与LigParGen不一样

davi · 发表于 Post on 2024-10-30 21:02:34

第一张图是Lig产生的，对于C-C-C-C第二个参数是-0.2，第二张图是Autoff，两个不一样是为啥呢，当然我用Moltemplate产生的和Autoff是一样的

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-31 14:21:35

保持OPLS-AA的版本相同，Ligpargen的参数来自OPLS-AA/M，在AuToFF中你需要选择OPLS-AA/M，而不是OPLS-AA/L

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 14:27:26

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:21
保持OPLS-AA的版本相同，Ligpargen的参数来自OPLS-AA/M，在AuToFF中你需要选择OPLS-AA/M，而不是OPLS-AA/L

老师，您好。我看了看Autoff选OPLS/M产生的参数是一样的，但是电荷貌似不太一样，这是为什么呢？第二个问题是OPLS/L或者OPLS/M我到底该用哪一个呢，不太理解选取的依据是啥。我目前是想要做LiFSI溶质在THF/2MeTHF里面计算配位数。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-31 14:33:52

davi 发表于 2024-10-31 14:27
老师，您好。我看了看Autoff选OPLS/M产生的参数是一样的，但是电荷貌似不太一样，这是为什么呢？第二个问 ...

OPLS系列的力场自带电荷能不用就不要用（无法保证总的电荷正确），LigPargen是用CM1A方法计算的电荷覆盖原来自带的电荷，但是这个方法对于特殊的成键电荷误差也很大，如果条件允许就自己计算RESP电荷。
OPLS-AA/M比OPLS-AA/L新，优先选择。但是支持的原子类型比OPLS-AA/L少不少，可以将OPLS-AA/L作为缺失参数时候的备选力场。
离子体系建议用CL&P等专用的力场。

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 14:47:50

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:33
OPLS系列的力场自带电荷能不用就不要用（无法保证总的电荷正确），LigPargen是用CM1A方法计算的电荷覆盖 ...

对于四氢呋喃和二甲基四氢呋喃这种，直接采用LigParGen生成的参数可靠吗，老师。我用Autoff产生的唯一区别仅有电荷。感觉直接用Autoff的OPLS/M应该是可行的吧

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-31 14:50:41

davi 发表于 2024-10-31 14:47
对于四氢呋喃和二甲基四氢呋喃这种，直接采用LigParGen生成的参数可靠吗，老师。我用Autoff产生的唯一区 ...

CM1A电荷对于常规的有机分子还能接受，但是我一般保险起见会替换成RESP电荷。

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 14:53:33

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:50
CM1A电荷对于常规的有机分子还能接受，但是我一般保险起见会替换成RESP电荷。

明白了，谢谢老师，我先直接试试CM1A看看效果。老师，还有个问题，Li+采用Autoff产生的LJ参数，我去看了看引用文献，貌似是做的是溶剂水，那我是四氢呋喃这种溶剂，LJ参数是不是不太可靠。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-31 14:56:21

davi 发表于 2024-10-31 14:53
明白了，谢谢老师，我先直接试试CM1A看看效果。老师，还有个问题，Li+采用Autoff产生的LJ参数，我去看了 ...

AuToFF也可以计算CM1A电荷，LJ对于拟合参数的溶液环境没有那么大的影响。

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 15:05:15

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:56
AuToFF也可以计算CM1A电荷，LJ对于拟合参数的溶液环境没有那么大的影响。

老师，如果我将离子电荷按0.7缩放了，还有必要进行溶剂分子的resp电荷计算吗

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 20:21:40

slxc920113 发表于 2024-10-31 09:56
AuToFF也可以计算CM1A电荷，LJ对于拟合参数的溶液环境没有那么大的影响。

老师，我还想请教个问题。我想要计算的是LiFSI盐在醚类混合溶剂(1:1 THF:2MeTHF)中Li+ g(r)的情况。是否应该是先去结构优化Li+与FSI-离子(再上溶剂环境)，优化完用sob老师程序计算resp电荷就行，对于溶剂，也是一样的道理(不需要设置溶剂环境了吧)，然后算resp电荷，最后将文献的力场参数(除了电荷)补充上就行

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-10-31 22:20:12

davi 发表于 2024-10-31 20:21
老师，我还想请教个问题。我想要计算的是LiFSI盐在醚类混合溶剂(1:1 THF:2MeTHF)中Li+ g(r)的情况。是否 ...

阴阳离子没有必要，因为力场开发的时候甚至还考虑了阴离子的极化，比RESP应该更精确。中性的有机分子可以全部用RESP，不讲究的话用真空环境就行，讲究的话用0RESP2(0.5)。

davi · 发表于 Post on 2024-10-31 22:57:46

本帖最后由 davi 于 2024-10-31 08:06 编辑

slxc920113 发表于 2024-10-31 07:20
阴阳离子没有必要，因为力场开发的时候甚至还考虑了阴离子的极化，比RESP应该更精确。中性的有机分子可以 ...

老师，您意思是直接用文献中阴阳离子的所有参数就行了吗，我看的文献说的要貌似考虑极化再×0.8，那对于溶剂分子，直接结构优化完算resp吗。附上一张文献截图，前面大概能理解，用的非极化力场对电荷进行了0.8缩放。后面说的采用M062x+d3矫正进行结构优化嘛，完成后感觉文献字面意思是采用SMD隐式溶剂模型，这里有点不太理解得到，如果GS建模，难不成我画溶剂分子再设置嘛，我看社长博文，感觉是构建溶质分子再去给它设置隐式模型啊，希望老师能指点一下

老师，我体系是LiFSI/mix-thf mix-thf是thf与2methf等摩尔混合而成，这两都是醚类，作溶剂的吧，难道文献意思是构建一个溶剂分子，另一个做隐式溶剂嘛

梵墨 · 发表于 Post on 2024-11-3 10:28:57

davi 发表于 2024-10-31 22:57
老师，您意思是直接用文献中阴阳离子的所有参数就行了吗，我看的文献说的要貌似考虑极化再×0.8，那对于 ...

算力允许，同时跑一把，测试一下g(r)稳定性就有数了，CMD跑起来也快

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[综合交流] Autoff产生的opls参数与LigParGen不一样