cp2k怎么批量提出动力学过程中每帧的结构

zhangs · 发表于 Post on 2024-10-31 12:47:34

各位老师，请教下，我用cp2k跑了一个AIMD，现在想计算每一步的单点能，有什么方法可以提出每一帧的轨迹文件吗？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2024-10-31 13:13:33

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2024-11-1 11:10 编辑

CP2K的轨迹文件<proj>-pos-1.xyz就是动力学中输出的每一帧的结构写成的.xyz拼成的，那要提取只需很简单的Linux文件裁切命令就行：

split ./"<filename>" "<prefix>" -l <xyz_lines> -d -a <digits> --additional-suffix="<suffix>"

复制代码

比如一个叫md-pos-1.xyz的轨迹文件，结构自始至终有128个原子（这样每一个提取出来的xyz文件都有128+2=130行内容，末尾还有一个额外的空行），打算提取出的文件名以"frame"开头，中间是代表帧号的4位数字，最后以"-cut.xyz"结尾，那切换到轨迹文件所在目录后裁切命令就写作

split ./"md-pos-1.xyz" "frame" -l 130 -d -a 4 --additional-suffix="-cut.xyz"

复制代码

编辑：稍微解释一下，split指令默认用字母给输出文件命名编号排序，故加-d改成用数字。-a 4表示帧号数字一共四位，不够4位就用先导0补齐；具体要几位取决于轨迹文件记录的帧数，按CP2K输入文件&MD/STEPS和&PRINT/&TRAJECTORY/&EACH/MD字段的设置自己算，-a 4适合几千帧的情况，如有上万帧就用-a 5，等等。若-a设大了会有多余先导0，-a设小了则会裁切中途提示"split: output file suffixes exhausted"。另外，由于MD记录的第一帧是编号i=0，上面命令的写法会按默认设置从0000开始命名编号；但结构优化记录的第一帧编号是i=1，上面命令的-d建议改成--numeric-suffixes=1以从0001开始。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-31 16:24:07

利用&MD里的&REFTRAJ，直接就可以从xyz轨迹里读取各帧结构并计算能量/受力/属性，不需要特意提出来白走趟弯路

chenzhe · 发表于 Post on 2024-11-5 09:22:50

本帖最后由 chenzhe 于 2024-11-5 09:58 编辑

sobereva 发表于 2024-10-31 16:24
利用&MD里的&REFTRAJ，直接就可以从xyz轨迹里读取各帧结构并计算能量/受力/属性，不需要特意提出来白走趟弯 ...

老师，具体&REFTRAJ命令怎么用的？
之前老版本是这样。
&REFTRAJ
   TRAJ_FILE_NAME xxx.xyz
   EVAL_ENERGY_FORCES .TRUE.
   EVAL_FORCES .TRUE.
   FIRST_SNAPSHOT 1
   LAST_SNAPSHOT 50
   STRIDE 1
&END REFTRAJ

但是新版本cp2k手册上写这EVAL_ENERGY_FORCES和EVAL_FORCES已经弃用，不过我没看到新的相应案例。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-8 21:51:16

chenzhe 发表于 2024-11-5 09:22
老师，具体&REFTRAJ命令怎么用的？
之前老版本是这样。
&REFTRAJ

在CP2K自带的测试文件里搜例子

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