带有非标准残基的多肽模拟报错，向各位老师们请教文件处理细节

mtpeng · 发表于 Post on 2024-11-6 12:42:45

老师们好，我在尝试模拟带非标准残基时能量最小化时出现如图报错，怀疑是自己没有正确地手动处理好文件，但自己难以找到出错点，所以在此想请老师们帮忙看看；
非标准残基是AIB，amber力场中没有定义，所以我根据论坛中高手们的相关帖子进行了创建，成功通过pdb2gmx得到了top文件，但无法进行随后的模拟；附件中有此次模拟的短肽pdb文件和top文件，以及最初的AIB.mol2,AIBini.rtp和放入力场目录中经过修改的AIB.rtp，AIB.hdb；烦请各位老师指正错误

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 08:20:07

ERROR 1，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

ERROR 2，格式不对。弄清楚各种字段的各种function type都需要定义什么参数

mtpeng · 发表于 Post on 2024-11-9 19:32:52

sobereva 发表于 2024-11-9 08:20
ERROR 1，参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）这页ppt：

好的，谢谢老师。我还有请问的是需要补充的参数是直接加到top里，还是在加到力场文件里发ffbonded.itp里？

mtpeng · 发表于 Post on 2024-11-9 19:43:49

另外，我将top中报错行（no angle types）删掉后能经行后续动力学模拟，查看结果后，我发现我将需要做成非标准氨基酸的26号残基上接好共价配体后与原先下载的pdb结构没有太大出入（螺旋结构），但使用pdb2gmx生成的结构感觉不太对，如附件所示，请问老师这正常吗？若有问题又该如何解决呢？

pep.gro (25.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

semapepnew.pdb (22.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-9 22:25:15

mtpeng 发表于 2024-11-9 19:32
好的，谢谢老师。我还有请问的是需要补充的参数是直接加到top里，还是在加到力场文件里发ffbonded.itp里 ...

都行
始终记住gromacs看到的是所有include文件都展开的状态，不管具体是什么文件

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