求 MMPBSA分析能量分解的脚本

现在就好 · 发表于 Post on 2024-11-6 15:17:07

本帖最后由现在就好于 2024-11-6 17:28 编辑

如题，求Amber MMPBSA分析能量分解的脚本，希望老师们帮忙，谢谢

我是用MMPBSA.pl计算的，结果的_statistics.out文件有些难懂，请老师们指教

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-6 15:56:16

本帖最后由 student0618 于 2024-11-6 15:57 编辑

是要可视化结果还是跑它？
跑mmpbsa pre-residue energy decomposition amber 手册已经很详尽了。手册mmpbsa部分搜decomp。
要把结果投射到结构上，我以前用的是一个叫CHEWD 的ucsf chimera 插件。

现在就好 · 发表于 Post on 2024-11-6 16:16:31

student0618 发表于 2024-11-6 15:56
是要可视化结果还是跑它？
跑mmpbsa pre-residue energy decomposition amber 手册已经很详尽了。手册mmpb ...

谢谢，已经计算结束了。就是不太清楚该怎么分析结果文件

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-6 16:34:51

本帖最后由 student0618 于 2024-11-6 16:40 编辑

现在就好发表于 2024-11-6 16:16
谢谢，已经计算结束了。就是不太清楚该怎么分析结果文件

通常都是选有兴趣的残基plot bar chart或作表格，最简单的用excel打开分析也可以。
我提到的plugin就是做简报时比较直观地看对应的三维结构。

现在就好 · 发表于 Post on 2024-11-6 16:50:40

student0618 发表于 2024-11-6 16:34
通常都是选有兴趣的残基plot bar chart或作表格，最简单的用excel打开分析也可以。
我提到的plugin就是 ...

好的，谢谢您

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