用GB模型算自由能（不先计算熵）需要导入复合物哪些轨迹

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-11-6 17:27:59

本帖最后由 Ruzhuang 于 2024-11-6 17:30 编辑

各位老师，我想问一下，我在用GB模型计算复合物、受体和配体的相互作用能和溶剂化自由能，并对结果取平均值以获得结合自由能的估计值，我是跑了100ns，每5ns打印一次mdcrd，一共20个mdcrd文档，共1250帧，最后需要用到的是哪一个mdcrd文档呢？

mpirun -np 2 MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -cp com.top -rp rec.top -lp lig.top -y traj.crd
以上是amber手册中的命令

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-6 17:43:43

1. 先看看由哪开始平衡了
2. 同时分析多个mdcrd或nc可用例如 -y prod*.mdcrd

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-11-6 17:54:09

student0618 发表于 2024-11-6 17:43
1. 先看看由哪开始平衡了
2. 同时分析多个mdcrd或nc可用例如 -y prod*.mdcrd

谢谢老师，要先分析rmsd看看大概从哪里开始平衡了是吧，比如我在50ns才趋于平衡，那么我就要把最后50ns打印出来mdcrd文档都要放进去，拓扑文档既要溶剂化的也要非溶剂化的吗

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-6 20:03:38

1. 是
2. 例如用 mpirun -np 2 MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp complex_solvated.prmtop -cp complex.prmtop -rp protein.prmtop -lp ligand.prmtop -y prod*.mdcrd
这mmpbsa.in 文件的mask也要给对。

Ruzhuang · 发表于 Post on 2024-11-6 21:24:01

student0618 发表于 2024-11-6 20:03
1. 是
2. 例如用 mpirun -np 2 MMPBSA.py.MPI -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp complex_ ...

好的谢谢，应该是能自动识别

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