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[GROMACS] 求助:gromacs跑nvt退火发生报错

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本帖最后由 cpa 于 2024-11-8 14:08 编辑

我是对一条聚合物长链进行模拟,一开始是直接在gromacs构建盒子,发现太空了,后面在MS预跑了npt获得了这种团簇结构,然后再构建盒子进行模拟,但是在进行50ns的nvt周期性退火时发生报错。

chain.gro

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初始结构

em.gro

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能量最小化

nvt (1).mdp

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atomname2type.n2t

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发表于 Post on 2024-11-9 06:37:55 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-9 16:57:55 | 只看该作者 Only view this author
感谢sob老师,问题已解决,我把步长改到了0.25fs。

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